Бортовая аппаратура ЗУР включала в себя антенно-волноводную систему, электронный блок, гироскопический координатор, блок рулевого привода, трассер, блок питания.
В ракете было применено пассивное аэродинамическое демпфирование планера ЗУР в полете, что обеспечивалось коррекцией контура управления при передаче команд на ракету. Это позволяло получить достаточно высокую точность наведения, уменьшить вес и габариты бортовой аппаратуры и ЗУР в целом.
Длина ЗУР 9М311 составляла 2562 мм, диаметр – 152 мм.
Для «Кортика» с минимальными доработками от комплекса «Тунгуска» могли быть заимствованы оптико-электронные средства сопровождения цели и ракеты, а также аппаратура радиокомандного наведения ракеты. Однако при этом не обеспечивалась всепогодность корабельного комплекса. Для средств ПВО Сухопутных войск это не было критично, так как их основные противники – боевые вертолеты – в те годы могли эффективно действовать также только в условиях хорошей видимости. Однако ПКР, как правило, оснащались всепогодными радиолокационными головками самонаведения. В связи с этим специально для комплекса «Кортик» дополнительно были разработаны радиолокационные каналы слежения за целью и ракетой. Создание этой компоненты ЗКБР тульское КБП поручило московскому ВНИИ «Альтаир», к тому времени ставшему основным разработчиком корабельных ЗРК.
Создание радиоканалов являлось крайне сложной задачей, так как при использовании заимствуемой от комплекса «Тунгуска» ракеты, весящей втрое меньше, чем ракеты комплексов «Оса-М» и «Кинжал», и, соответственно, оснащенной многократно более легкой и менее могущественной боевой частью, требовалось обеспечить наведение на цель с предельно высокой точностью – 2-3 м. Таким образом, сотрудникам ВНИИ «Альтаир» предстояло создать радиолокационные средства для определения координат цели с точностью, приближающейся к достигнутой оптическими устройствами. При этом вполне естественным было стремление по возможности сблизить частотный диапазон используемых зондирующих импульсов с видимым спектром, перейдя к излучению на миллиметровых волнах.
Известно, что при неизменных ограничениях по размерам антенны ошибка определения замеряемых угловых координат пропорциональна длине волны излучения. Переход на миллиметровый диапазон не только обеспечивал высокую точность, но и снижал влияние переотраженного от морской поверхности так называемого «антиподного» сигнала от цели. Высокая частота излучения мешала противнику вести успешную радиоразведку. Кроме того, большие потери миллиметрового излучения на распространение в атмосфере и сложность создания большого энергетического потенциала помехи в этом диапазоне снижали эффективность активного радиоэлектронного противодействия.