Дзержинский занимал отличную от Ленина позицию и по вопросу о Брестском мире. И только 23 февраля 1918 года, когда Троцкий после немецкого ультиматума отказался голосовать против Ленина, он изменил свою точку зрения.
Правда, оппозиционные проступки Дзержинского не лишили его доверия Ленина. И в конце 1918 года в тяжелое для Советской республики время Ильич доверяет ему задание особой важности — обеспечить финансовой поддержкой революционные выступления в Европе, а также положить в западных банках на именные счета большевистских лидеров крупные суммы денег на случай, если революция в России потерпит поражение. Центром проведения этой тайной операции стала Швейцария, где в сентябре 1918 года открылась советская дипломатическая миссия.
Вместе с Дзержинским в Швейцарию отправился член коллегии ВЧК и секретарь ВЦИК Аванесов. Об их миссии практически никто не знал. Выехали они, по всей видимости, нелегально, так как никаких виз НКИД на них не оформлял. В октябре Дзержинский прибывает в Швейцарию, забирает жену, работавшую в советской миссии секретаршей, и вместе с ней и сыном отправляется на курорт в Лугано. Вероятно, именно это обстоятельство дало возможность советским историкам утверждать, что в Швейцарию он отправился для поправки пошатнувшегося здоровья.
В Лугано Дзержинский, разумеется, не лечился. Результаты его поездки в Европе почувствовали очень скоро — 9 ноября 1918 года отрекается от престола Вильгельм II, а 11 ноября революция в Австро-Венгрии свергает монархию Габсбургов. Выполнил Феликс и вторую часть задания Ленина, и вскоре в банках Европы и Америки стали появляться счета Троцкого (1 млн долларов и 90 млн швейцарских франков), Ленина (75 млн швейцарских франков), Зиновьева (80 млн швейцарских франков), Ганецкого (60 млн швейцарских франков и 10 млн долларов), Дзержинского (80 млн швейцарских франков).
Когда говорят о назначении Дзержинского председателем ВЧК, то уходят от вопроса, почему столь важный государственный пост был доверен человеку, не занимавшему в РКП(б) какого-либо значительного положения. Но вот слова известного советского дипломата Леонида Красина: «Дзержинский, в сущности, хитрая бестия, запугивающая Ленина контрреволюцией и тем, что она сметет нас всех и его в первую очередь. А Ленин, в этом я окончательно убедился, самый настоящий трус, дрожащий за свою шкуру. И Дзержинский играет на этой струнке».
О Дзержинском как о руководителе ВЧК и творце красного террора написано очень много. Его подпись стоит под огромным числом смертных приговоров. На одном из заседаний Совнаркома в 1918 году Ленин послал Дзержинскому записку: «Сколько у нас в тюрьмах злостных контрреволюционеров?» Тот написал в ответ: «Около 1500». Ленин хмыкнул и, поставив около цифры крест, вернул записку Дзержинскому, который сразу же покинул заседание. А утром стало известно, что 1500 «злостных контрреволюционеров» расстреляли. Позднее секретарь Ленина Фотиева заявила: «Произошло недоразумение. Владимир Ильич вовсе не хотел расстрела. Дзержинский его не понял. Наш вождь обычно ставит на записке крестик в знак того, что прочитал ее и принял к сведению».