Весьма распространены до сего дня версии о непосредственном участии ФБР в убийстве Кеннеди. Но наиболее вероятно другое. ФБР не организовывала и не осуществляла убийство, — но оно, прежде всего в лице Гувера, постаралось истолковать его в наиболее выгодном или хотя бы приемлемом для себя аспекте. Гувер, совершенно несомненно, ненавидел братьев Кеннеди (возможно, и весь «семейный клан» Кеннеди). Есть четкие указания о неприязни между Джозефом Кеннеди и Гувером; в период пребывания на посту министра юстиции в правительстве старшего брата, Роберт Кеннеди предпринял одно из самых серьезных ограничений власти и влияния ФБР — а такое не забывается и не прощается, во всяком случае, не Гувером. «Железный Эдгар» был не одинок — так, его заместитель и ближайший помощник Клайд Толсон однажды в ходе перепалки бросил Роберту Кеннеди: «Надеюсь, кто-нибудь просто пристрелит такую сволочь, как вы!». Но на прямое обвинение ФБР не решались, кажется, и самые прямые его противники. Очень характерно воспоминание Билли Байерса-младшего, сына техасского миллионера. Его отец был дружен с Гувером; интересно, что в день убийства президента Гувер звонил только трижды: министру юстиции, начальнику Секретной службы и Байерсу. В 1964 году, когда Гувер гостил у Байерсов, Билли спросил у директора ФБР: «Вы думаете, что это сделал Ли Харви Освальд?» Гувер выдержал долгую паузу и ответил: «Если бы я сказал вам то, что я знаю в действительности, это могло бы сильно повредить нашей стране. Вся политическая система могла бы прийти в хаос».
Очень велика вероятность того, что весьма и весьма непростые отношения между братьями Кеннеди и ФБР были осложнены личной, более того — интимной мотивацией Гувера. Несомненно, хватало и деловых, и политических причин, особенно в том, что касалось отношений немолодого директора ФБР с молодым, энергичным министром юстиции, нежданным и нежелательным начальником, который обладал исключительной настойчивостью и убежденностью. Это приводило к тому, что практически все, с кем работал Бобби, становились либо преданными его сторонниками, либо непримиримыми противниками. Гувер оказался в числе вторых. Что касается Джона Кеннеди, то наряду с прочими присутствовал и сексуальный мотив. Президент пользовался чрезвычайным успехом у женщин, причем, как вспоминала его доверенный секретарь, «они сами бросались на него». Число интрижек и романов Кеннеди весьма внушительно. В их числе была многолетняя связь с самой знаменитой блондинкой в мире, Мерлин Монро. Плакат с изображением обнаженной Мерлин украшал стену бара в вашингтонском доме Гувера.