В 1803 году Александром I было издано новое положение об устройстве учебных заведений, внесшее очень важные принципы в систему образования. Объявлялась бессословность учебных заведений, бесплатность начального образования, преемственность ступеней образования. Было учреждено шесть учебных округов, возглавляемых попечителями. Над попечителями были ученые советы при университетах. Помимо Московского, на карте России появились «провинциальные» университеты – Дерптский (1802), Виленский (1803), Харьковский (на средства дворянства) и Казанский (оба – 1804). Открытый в том же 1804 году Петербургский Педагогический институт был преобразован в университет в 1819 году после организации при нем публичных курсов.
Принятый в поистине золотом для университетов 1804 году устав предоставлял этим высшим учебным заведениям значительную автономию: выборность ректора и профессуры, собственный суд, невмешательство высшей администрации в дела университетов, право университетов назначать учителей в гимназии и училища своего учебного округа. Одновременно при университетах из профессоров и магистров были созданы цензурные комитеты, подчинявшиеся Министерству народного просвещения. Поначалу цензура была обязана отслеживать только «благопристойность» и мораль в написанном, но почти сразу она приобрела и политическую окраску.
В 1809 году была открыта Духовная Академия в Петербурге, через пять лет – аналогичное учебное заведение при Троице-Сергиевой лавре, в 1810 году учрежден корпус инженеров путей сообщения. В столице была восстановлена Академия наук с новым регламентом и штатом сотрудников, открыта Публичная библиотека.
В 1805 году, благодаря пожертвованиям П. Г. Демидова, было основано Ярославское высшее училище, в Нежине меценатами для местного училища стала семья графа Безбородко. Открылись коммерческое училище в Москве, коммерческие гимназии в Одессе и Таганроге (1804); увеличено количество гимназий и школ в целом по России.
Эпоха Александра – период бурного развития публицистики и литературы. Уже с 1803–1804 годов при министерстве народного просвещения издавалось «периодическое сочинение о успехах народного просвещения», а при министерстве внутренних дел – «Санкт-Петербургский журнал». Но настоящий интерес мыслящей читательской аудитории вывали «Вестник Европы» М. Каченовского и Н. Карамзина, «Сын Отечества» Н. Греча, «Отечественные записки» П. Свиньина, «Сибирский вестник» Г. Спасского, «Северный архив» Ф. Булгарина, впоследствии соединившийся с «Сыном Отечества». Серьезным содержанием отличались издания Московского общества истории и древностей.