В 1902 году состоялся первый выпуск. В 1904 году институт поступил в ведение Министерства просвещения, и его слушательницы уравнялись в правах со студентами медицинских факультетов университетов.
Таким образом, знаменитый Народный университет не был первенцем у супругов Шанявских. И не меньших трудов стоило его рождение, правда преодолевать эти муки пришлось преимущественно Лидии Алексеевне. Альфонс Леонович умер вечером того же дня, когда нотариус заверил дарственную, по которой его домовладение на Арбате становилось собственностью московской городской Думы.
Но незадолго до своей смерти Шанявский составил завещание, по которому всё остальное имущество хотя и переходило в пожизненное пользование вдовы, но после её смерти должно было также стать собственностью университета. Причём это могло произойти, согласно завещанию, лишь в том случае, если университет откроется в течение трёх лет после его заявления, т. е. до 3 октября 1908 г. [62].
Условие это было поставлено не случайно: Шанявский предвидел, сколько надлежит преодолеть преград, прежде чем университет откроется. Ведь по замыслу Шанявских будущий вуз должен быть доступен всем, вне зависимости от принадлежности к тому или иному сословию. И чтобы в нём могли обучаться не только мужчины, но и женщины. И то, и другое очень многим высокопоставленным чиновникам, от которых зависело, быть или не быть Народному университету, казалось неприемлемым. Достаточно сказать, что в числе противников университета были тогдашний министр внутренних дел П. Н. Дурново и министр народного просвещения А. Н. Шварц.
Сколько разного рода петиций пришлось написать Лидии Алексеевне, сколько пришлось обойти кабинетов! Лишь когда 26 июня 1908 года на положении об университете появилось начертанное рукой императора «Быть посему», стало ясно: победа. Но даже и после этого торжественное открытие университета состоялось только 1 октября 1908 года, а 2 октября, за день до крайнего, обозначенного А. Л. Шанявским в завещении срока, А. Ф. Фортунатов прочитал первую лекцию [62].
Конечно, не было бы университета, будь у него только враги. Конечно, без друзей не обошлось. И по списку тех, кто стал по завещанию А. Л. Шанявского пожизненными членами попечительского совета, мы знаем, с кем был дружен отставной генерал-майор и кому доверял. Так, в попечительский совет А. Л. Шанявский назначил, в первую очередь, свою жену Лидию Алексеевну, Сергея и Михаила Сабашниковых – компаньонов по зейским золотым промыслам. Кроме них пожизненными членами совета стали невропатолог В. К. Рот, юрист, социолог и историк М. М. Ковалевский, юрист и председатель Первой государственной Думы С. А. Муромцев, ботаник К. А. Тимирязев, А. Н. Шереметьевская, химик А. Н. Реформаторский и историк Н. В. Сперанский. Ещё десятерых членов попечительского совета избрала московская городская Дума.