Билла пленил андеграунд, и, стабильно получавший свое ежемесячное содержание, он постарался войти в эти круги, он работал то барменом, то журналистом, то рекламщиком, то частным детективом на «Мерит Инкорпорейтед», и – его самая любимая работа – восемь месяцев на «А. Дж. Коуэн Экстерминэйтор» в Чикаго. «Нужно было постучать в дверь и громко сказать: “У вас есть клопы, леди?” – так, чтобы это услышали соседи, тогда бы она соврала и сказала бы, что у нее их нет, расписалась бы в моих бумагах, и я закончил бы с вызовами пораньше». Две книги Билла потом были названы «Дезинсекторами»: сборник разрезок, составленный в соавторстве с Брайоном Гайсином – «Дезинсектор», опубликованный «Оэрхэн Пресс» в 1960 г., и «Дезинсектор!», сборник коротких рассказов, вышедший в «Викинге» в 1973 г.
В самом начале 1940-х Билл познакомился в Нью-Йорке с Джеком Керуаком и Алленом Гинзбергом, а они познакомили его с Джоан Волмер, которая позже стала его гражданской женой. В 1945 г. он вместе с Керуаком и Гинзбергом переехал в ее квартиру на 115-й улице – это была легендарная коммуна битников, там брали истоки многие порядки, потом нашедшие свое отражение в «Голом ланче». Билл пытался понять психику и Джека с Алленом, и они вместе разыгрывали сценки, исследуя стереотипы своего характера: Джек стал невинным американским туристом и носил соломенную шляпу отца; Аллен строил из себя знатока искусств; Билл напялил на себя женскую одежду и заявил, что он – сумасшедшая графиня-лесбиянка.
Многие роли Билла предопределялись теми глубинами собственной личности, которые он открывал в себе благодаря психоанализу. Можно сказать, что Билл занимался психоанализом с 1939 г., когда он, чтобы произвести впечатление на приятеля, отрезал себе ножницами для птицы нижнюю фалангу мизинца. После этого он несколько дней провел в Бельвью, а затем некоторое время лечился в клинике Пэйн-Уитни. Он глубоко заинтересовался методами психоанализа и опробовал большую их часть. Больше всего он проникся идеями Вильгельма Райха, и, хотя с ним никогда не работал последователь Райха, он соорудил огромный аккумулятор оргона, приспособление, которое, как уверял Райх, способно удержать и выпарить то, что он называл «жизненной силой». Билл клялся на нем, а когда он умер, один аппарат по-прежнему стоял у него в саду.
В 1945 г. Билл познакомился с Гербертом Ханком и группой мелких воришек, которые пристрастили его к героину. Его арестовали, и в ожидании суда он стал приторговывать героином. Отец заплатил за него залог, и в 1947 г. Билл с Джоан переехали в Нью-Вэйверли, штат Техас, где 21 июля у них родился сын Уильям Берроуз III. Из Техаса они переехали в Новый Орлеан, где Билла снова арестовали, но вместо того, чтобы предстать перед судом и получить срок, Билл с семьей переехал в Мехико.