Будучи антисоветски настроенным, Курганский подготовлял осуществление изменнического акта и с этой целью вербовал некоторых лиц из числа своего окружения».
Читая этот бред, сложно понять, в чем конкретно выражалась преступная и антисоветская деятельность боевого офицера.
После предъявленного обвинения в течение апреля-мая 1948 года Курганского вызывали на допрос всего пять раз. Затем какие-либо следственные действия с ним не проводились, и он на протяжении более 3 лет содержался в Бутырской тюрьме. В результате длительного тюремного заключения Николай Петрович стал психически нездоровым человеком. Жестокий тюремный режим и фронтовые раны по совокупности подорвали его молодой организм. Боевого офицера сломали психически и физически искалечили. О том, как это происходило, вполне доступно рассказал А. Бучин: «Первые месяцы во внутренней тюрьме — кошмар. Прежде всего психологически. Хотя я, работая у Г.К. Жукова, нагляделся на чекистов и не был в восторге от них, все же, как у каждого советского человека, у меня было представление о них как о борцах с «врагами», людях, занятых опасным делом, идеалистах. Впервые мне пришлось столкнуться с ними в их логовище — на Лубянке, и я пришел в неописуемый ужас. Вместо романтиков я увидел обыкновенных тупых мерзавцев.
Я проходил по следственной части по особо важным делам МГБ СССР. Следователи, полковник Герасимов, затем подполковник Мотавкин, взялись за меня всерьез и, конечно, поставили на «конвейер». Практически мне очень долго не давали спать. На допрос вызывали вскоре после 10.30, то есть после отбоя. Только лег, как надзиратели, или лучше именовать их уместным словечком вертухаи, поднимали и вели на допрос. Нередко по дороге запирали в бокс на несколько часов, глубокой ночью вводили в кабинет зевающего следователя, который, чтобы разогнать сон, орал. Грозился и вел безумные речи. Иной раз казалось, что ты в доме умалишенных. В камеру отводили около 6 утра, а в 6 подъем, и уж спать днем не дадут. <…>
В конце концов я стал плохо соображать, что происходило».
С середины августа по конец ноября 1951 года Курганский содержался в психиатрическом отделении санчасти Бутырской тюрьмы. По результатам проведенной в декабре судебно-психиатрической экспертизы его признали невменяемым и направили как душевнобольного в психиатрическую больницу на принудительное лечение. А в середине января 1952 г. дело Курганского было рассмотрено Особым совещанием при МГБ СССР. Его решением Курганского осудили по предъявленному обвинению и направили в психиатрическую больницу изолированного типа.