Через полгода после смерти Сталина, осенью 1953-го, мать Курганского обратилась с письмом в Верховный суд СССР с просьбой перевести сына на лечение по месту жительства. А в конце марта 54-го Главный военный прокурор опротестовал как незаконное решение Особого совещания при МГБ СССР по делу Курганского. В этом протесте было указано, что в деле имеется лишь заявление гражданки Минюк М.И. от 18 марта 1948 г., в котором говорится, что Курганский просил ее сообщить маршалу Жукову, что органы МГБ собирают на него компрометирующий материал, рекомендовать Жукову обратиться в правительство за разрешением выехать за границу, как когда-то выехал Троцкий (Курганский на допросе подтвердил данный факт).
Помимо этого в деле есть сведения о том, что Курганский, узнав об аресте генерала Терентьева и подполковника Семочкина, предполагая, что они близки к окружению Жукова, через жену Семочкина пытался поставить об этом в известность Жукова.
К слову сказать, как отмечалось в протесте, данная деятельность Курганского не может расцениваться как антисоветская. Никаких других доказательств его преступной деятельности материалы следствия не содержат.
В апреле 1954 г. дело Курганского было пересмотрено Военной коллегией Верховного суда СССР. Его определением приговор по делу был отменен как незаконный ввиду отсутствия состава преступления. Сам Курганский реабилитирован.
Только в мае 1954 г. Курганского передали из психиатрической больницы тюремного типа его брату, который и привез его к матери в деревню Турищевичи Чечерского района Гомельской области. В последующем благодаря стараниям матери Курганского, которая обращалась и в Верховный суд СССР, и в Генеральную прокуратуру, и в Главную военную прокуратуру, Николай Петрович был окончательно реабилитирован. В том числе ему был засчитан в срок службы период времени, который он провел в заключении, была назначена военная пенсия и возвращены все награды.
Ветеран войны Н.Е. Савченко, двоюродный брат Курганского, никогда не забудет, как Николай Петрович помог ему демобилизоваться из армии, чтобы поступить на третий курс Минского мединститута, откуда он добровольцем ушел на фронт. Именно Николай Евсеевич хорошо знал минский период жизни Н.П. Курганского: «У Курганского кроме пенсии не было ничего, все офицерское имущество и сбережения исчезли бесследно. Ни о какой работе, даже легкой, не могло быть и речи — полный инвалид! Как он жил без жилья, без семьи, без работы — представить невозможно! Много раз приходилось помещать его в больницу, чтобы хоть немножко подкрепить, дать отдохнуть от неприкаянной жизни. После одной из таких госпитализаций в 1973 году, когда он снова оказался в Минске на улице, я взял его фотографию с орденами, в десяти строчках изложил его горестную биографию и пошел ко второму секретарю ЦК КПБ А.Н. Аксенову. Рассказал ему об этом осколке сталинского произвола, о его бедствиях, попросил помочь выделить в Минске Курганскому хоть какое-то жилье (я в то время был министром здравоохранения БССР). А утром мне позвонил председатель Минского горисполкома М.В. Ковалев и сказал, чтобы Курганский пришел получить ордер на выделенную ему квартиру. Без труда я восстановил цепочку событий: Аксенов доложил Машерову, Петр Миронович тут же принял решение и дал указание Ковалеву. Курганский получил маленькую однокомнатную квартиру и наконец обрел свой угол и покой. Всю оставшуюся жизнь он прожил одиноким, без семьи, посильно помогая в работе районной ветеранской организации. В последние годы он почти ослеп, с трудом передвигался. Однажды я спросил его, не держит ли он зла на маршала за то, что тот не вызволил из тюрьмы, не вспомнил о его судьбе? Горько улыбнувшись, Николай Петрович ответил: «А что он мог сделать? Маршалом Победы он был на войне, там он управлял, а здесь он и сам оказался под жерновами неуправляемых, неподвластных ему обстоятельств».