Замечу, что в книге «Ракеты и космические аппараты конструкторского бюро «Южное» говорится, что эскизный проект ракеты Р-21 был разработан в КБ Янгеля и передан в КБ Макеева в интересах ускорения создания ракет P-14 и P-16 для РВСН (ракетных войск стратегического назначения) у Янгеля.
По ряду причин постановлением Совмина от 3 декабря 1958 г. разработка ракеты Р-15 была прекращена.
Первый этап испытаний комплекса Д-4 с ракетой Р-21 (несекретное ее название 4К-55) было решено проводить на Балаклавском полигоне.
Сложность и медлительность операций с кабелями при испытании ракет С4.1. подвигли руководство полигона на грандиозный проект. Предусматривалось закрыть вход в балку Мраморную, по дну балки проложить рельсовый ход, установить мощные шлюзовые насосы и работать. Стенд готовится к пуску в верхнем положении, а на пуск спускается по рельсам на нужную глубину. При необходимости можно осушить балку и осмотреть все остатки ракет. Застопорила этот проект колоссальная стоимость. Хотя, если бы тогда знали, сколько придется построить стендов за историю полигона, проект скорей всего был бы осуществлен.
Параллельно с испытанием баллистической ракеты Р-21 полигон должен был испытывать «Аметист» — первую в мире крылатую ракету, стартующую из-под воды.
Для проведения испытаний этих комплексов в 1959—1960 гг. было проведено большое дооснащение Балаклавского полигона, капитальное строительство новых сооружений. На полигон поступили новые телеметрические станции «Трал», РТС-5И, передвижные электростанции, компрессоры высокого давления, автобусы, грузовые машины. Были построены основные испытательные сооружения части. На 2-й площадке воздвигли трехэтажный монтажно-испытательный корпус с двумя сборочными цехами и 30-тонными монтажными мостовыми кранами, электроагрегатной спецтоков, профильными лабораториями на 1-м и 2-м этажах и аккумуляторную мастерскую. На 1-й площадке построили служебное здание с аппаратными для телеметрической аппаратуры, в Мраморной балке — новую лебедочную на 2 тяговые лебедки, причал и здание аппаратной.
Были оборудованы две морские позиции, на каждой — центральный массив с поворотным блоком и 4 понтона с ручными лебедками на каждом. Каждый понтон стоял на двух мертвых якорях.
На полигон протянули дополнительную железнодорожную ветку, проложили правительственную связь (на 2-ю площадку).
В городе построили жилой дом для офицеров. В районе штаба были построены гостиница и столовая военторга, в жилом городке поставлены финские домики.
В 1960 г. на полигоне была проведена помпезная операция «Скумбрия» — Всесоюзная выставка новейшего вооружения. На ней побывали руководители государства во главе с Н.С. Хрущевым, руководители стран демократии, министры обороны и командующие флотами.