Двенадцать лет спустя снова начались волнения в Москве. Причины Медного бунта крылись в войне со Швецией, начавшейся в 1654 г. Война поначалу могла финансироваться 10-процентным чрезвычайным налогом и займами у монастырей, но затем потребовала чеканки сперва монет с пониженным содержанием серебра, а затем — впервые — медных денег, так как после эпидемии чумы разразился экономический кризис. Между тем денежная политика привела к инфляции. Летом 1662 г. неприятности накопились: трехкратное повышение цен, взыскание недоимок по налогам за предыдущие годы, сбор «пятой деньги» в качестве чрезвычайного налога, взимание «стрелецких денег», прямого налога в виде зерна на содержание полка, именно во время неурожая, и принудительного реквизирования важнейших экспортных товаров, на которые была объявлена государственная монополия. Мятеж ограничивался Москвой, не только потому что город был резиденцией правительства, но прежде всего потому, что в нем имелся значительный нижний слой, который не мог обеспечить себя. По приказу царя 900 бунтовщиков были убиты или затоптаны, уже на следующий день были приведены в исполнение 50 смертных приговоров, еще 13 — по окончании расследования. После победы Алексей Михайлович мог дать себе передышку: только через год выпуск медных денег был прекращен, снова начали выплачивать жалованье серебром и совершать коммерческие сделки на этой основе.
Эти народные бунты во многом заставили царя пересмотреть некоторые принципы политики. В правление Алексея Михайловича изменения коснулись всех основных элементов управления — приказов, Боярской думы, а также системы местничества. Число государственных приказов увеличивается: по мере присоединения к России новых земель создаются Смоленский, Малороссийский, Литовский и Лифляндский приказы. Поскольку сферы деятельности московских приказов часто пересекались, а это создавало немалые неудобства в управлении, царь Алексей пытался объединить однородные приказы в обширные ведомства, которые подчинялись бы одному лицу. Не желая полностью зависеть от Боярской думы и руководителей приказов, Алексей Михайлович создал своего рода личную канцелярию — Приказ тайных дел, который ведал вопросами государственного управления, дворцового хозяйства и личного обихода царя, а также играл роль тайной полиции. Приказ тайных дел стоял выше всех остальных. Он мог вмешиваться в дела государственных учреждений, подчинялся только царю. Даже Боярская дума никак не имела к нему доступа.
Из большого состава Боярской думы была выделена Расправная палата, игравшая роль правительства при царе и решавшая судебные и административные дела.