Первый старт на Ar-234 V9 выполнил в Бранденбурге Уббо Йансен – 12 марта 1944 года. Этот полет стал одновременно (это уже стало практически традицией для прототипов этого самолета) и перегоночным. Самолет преодолел за 15 минут расстояние, отделяющее его от Альт Лонневиц, при этом не возникло никаких проблем. 21 марта за штурвал самолета сел оберстлейтенант Зигфрид Кнемейер (Obstlt Siegfred Knemeyer), который с ноября 1943 года и до конца войны был ответственным (от RLM) за развитие и опытные работы по всем реактивным самолетам, разрабатываем в Германии (название этой должности звучало как Entwicklungs-Chef)- Это был его второй полет на «Блице», так как он 9 февраля 1944 года уже пилотировал Ar-234 V5.
Ar-234 V9 находился в Альт Лонневиц не долго. 24 марта Йансен перегнал его в Ораниенбург (Oranienburg), где он пятью днями позднее под управлением Кнемейера снова поднялся в воздух. Перелеты прототипа на этом не окончились, и вскоре он снова перелетел в … Альт Лонневиц. 17 апреля начались испытания Ar-234 V9 с подвешенной под фюзеляжем бомбой SC-1000 массой 1000 кг, а 20 апреля с двумя бомбами SC-500 (500 кг) под гондолами двигателя. Пятью днями позднее, 25 апреля, Альт Лонневиц посетил очередной высокий гость – генерал-майор Дитрих Пельц (Ditrich Pelz) – генеральный инспектор бомбардировочной авиации, 9 мая ему был продемонстрирован первый полет группы из двух машин: Ar-234 V9 (пилот Эйхем (Gunther Eheim)) и Ar-234 V10 (PH+SR, W.Nr 130010), который только недавно начал профамму летных испытаний. Этот самолет был идентичен Ar-234 V9, за исключением того, что на остеклении кабины был установлен перископ RF2B, который обеспечивал пилоту обзор назад.
Ar-234 B-2 (W.Nr 140312), захваченный американцами и испытываемый на базе Райт Филд (Wright Fild), штат Огайо, в конце 1945 – начале 1946 годов.
Испытания усиленного шасси на самолете Ar-234В S4 (четвертый серийный экземпляр). Видны удлиненные щитки передней ниши шасси и грязевой щиток, установленный на стойке.
Ar-234 V9 выполнил более 110 испытательных полетов, и использовался для разнообразных тестов. В одном из последних вылетов он был чуть не разбит из-за недосмотра Людвига Дамбача (Ludwig Dambach), специалиста из фирмы BMW. Во время подготовки к посадке с подвешенной под фюзеляжем бомбой SC-1000 возникли проблемы с выпуском лыжи – отказала гидравлическая система, и пилоту пришлось делать это вручную. Сама посадка также была не самой мягкой и едва не окончилась катастрофой. Оказалось, что болты, фиксировавшие основное шасси в выпущенном положении не были должным образом зафиксированы, и выпали в полете.