Вскоре после начала испытаний Ar-234 VI0 был оснащен автопилотом Patin PDS- 11 и между 21 и 25 марта интенсивно испытывался заводским пилотом фирмы «Арадо» – Flugbaumeister Гансом Риттером (Hans Richter). Для окончания испытаний, прототип под управлением пилота Эйхема перелетел 10 июня на аэродром Ларц (Larz), входящий в комплекс E-Stelle Rechlin, где планировалось провести испытания Ar 234В.
В течение трех последующих дней, до 13 июня, Эйхем демонстрировал в Рехлине свой самолет посетившим эту базу Мильху и Шпееру, выполнив при этом несколько полетов. В одном из них Ar-234 V10 на малой высоте достиг скорости 820 км/час, что произвело большое впечатление на гостей. Мильх даже предложил провести сравнительные полеты Ar-234 и Ме-262. Оказалось, что хотя Ме-262 обладал более высокой скоростью, но зато Ar-234 имел лучшие пилотажные и маневренные характеристики. Этот вывод позже был подтвержден в рапорте от 20 октября 1944года, по результатам летных испытаний нескольких Ar-234В в Рехлине. Из него следовало, что лучшими, чем у Ме-262 являются: кислородная система, работа стартера Riedela, простота конструкции и приводы закрылков. Пилот имел лучший обзор из кабины вперед, хотя обзор назад практически отсутствовал. Другим преимуществом было то, что «Блиц» садился проще чем «Швальбе». В резюме утверждалось, что Ar-234 производит лучшее общее впечатление, чем Ме-262. Хуже были только значения его скорости и скороподъемности. Следует однако при этом помнить, что «Блиц» был бомбардировщиком, а «Швальбе» – истребителем.
27 июня 1944 года, после старта в уже пятидесятый полет, на Ar-234 V10 (за его штурвалом был Ганс Риттер) возникла сильная вибрация левого двигателя. Пилот попытался его выключить, но, несмотря на это, индикатор температуры сигнализировал о ее постоянном росте. Пилот считая, что это означает пожар двигателя, выпрыгнул с парашютом, оставив включенным автопилот Patin PDS 11. Тем временем самолет, под управлением автопилота, совершил два круга над аэродромом, после чего самостоятельно сел на брюхо в близлежащем поле. Когда к нему добрался технический персонал, правый двигатель, еще работавший на полных оборотах, вызвал пожар растущей на поле пшеницы. Огонь полностью уничтожил самолет. После изучения обгоревших обломков оказалось, что причиной вибрации был обрыв одной из лопаток турбины, которая повредила датчик температуры, что и привело к неверным показаниям контрольных приборов.
Третьим прототипом самолетов серии «В» был Ar-234 V11 (PH+SS, W. Nr 130021). 10 мая 1944 года его облетали, одновременно перегнав из Бранденбурга в Альт Лонневиц. Самолет не отличался от Ar-234 V10, и использовался для скоростных испытаний, а также заданий, связанных с полетами на больших высотах. Его наследником стал последний прототип серии «В» – Ar-234 VI2 (PH+ST, W. Nr 130022). Он был оборудован вертикальным стабилизатором и рулем направления увеличенных размеров, которые планировалось установить на следующей версии – Ar 234С. В первый раз самолет взлетел 15 сентября 1944 года под управлением Эйхема. Прототип летал до 4 апреля 1945 года, когда во время воздушного налета союзников он был уничтожен в Васендарфе.