Следующие четыре прототипа были построены в соответствии со стандартом С-3. Ar-234 V22 (PK+EL, W.Nr 130062) совершил первый полет 1 января 1945 года, под управлением Эйхема. Самолет принимал участие в испытаниях оборудования до марта 1945 года, после чего его передали на переделку под два двигателя Henkel HeS 001, планируя закончить эти работы 31 мая 1945 года. Однако война окончилась тремя неделями раньше, и этот проект так и остался на бумаге. Ar-234 V23 (РК+ЕМ, W.Nr 130063), снова пилотируемый Эйхемом, поднялся в воздух через две недели после Ar-234 V22 – 14 января 1945 года. На самолете до конца января испытывалось кислородное оборудование кабины. После переделки этот самолет, должен был стать первым экземпляром нового истребителя Ar-234 C-3/N. Йансен «отметился» во время первых полетов двух следующих прототипов – Ar-234 V24 (PK+EN, W.Nr 130064) и Ar-234 V25 (РК+ЕО, W.Nr 130065). Первый из них взлетел 12 января с полетным заданием – испытание кислородного оборудования кабины. Из этой программы самолет был исключен в середине февраля 1945 года, так как его планировалось переделать в штурмовой вариант, с усиленным бронированием. Силовая установка первоначально должна была состоять из четырех BMW 003А-1. Позже их планировали заменить двумя Jumo 004 или HeS 011. Планировавшаяся дата окончания переделки, также как и в предыдущем случае оказалась слишком отдаленной. 31 мая 1945 года – это было уже значительно позже капитуляции Германии. Под конец войны этот самолет, вместе с несколькими другими, находился на заводах фирмы «Арадо» в Варнемюнде, где проходил программу летных испытаний до 4 апреля 1945 года. Позже самолет перевезли в Кальтенкиршен в Шлезвиг-Гольштейне. Здесь же он и был уничтожен в начале мая, чтобы не отдавать его в руки наступающих британских войск. Ar-234 V25 совершил свой последний полет (с Гюнтером Эйхемом за штурвалом) 1 мая 1945 года.
Под конец войны в планах и в процессе постройки находилось еще несколько десятков прототипов, правда, далеких от окончания. Известны по серийным номерам два. Ar-234 V26 (W.Nr 130066) должен был быть оснащен четырьмя двигателями BMW 003А-1 и крыльями «Veruchflugel III». Ar-234 V27 (W.Nr 130067) – это в общем-то второй прототип Ar-234 C-3N. Оба прототипа вероятнее всего не были завершены до падения Германии. Только проектом остался и Ar-234 V28, на котором должны были проверяться летные характеристики, испытываться кислородное оборудование кабины и другое авиационное оборудование.
В результате полетов на бомбометание, которые выполняли самолеты Ar-234 В, стало ясно, что пилот не в состоянии сам выполнять все необходимые в такой ситуации действия. Трудно одновременно пилотировать самолет, заниматься навигацией, искать цель и вовремя сбрасывать бомбы. Решением этой проблемы стал бы второй член экипажа. Уже в декабре 1944 года была разработана концепция новой кабины, которая при сохранении габаритов остальной части фюзеляжа могла бы вместить два члена экипажа. Она имела большую высоту и существенно измененное остекление. Члены экипажа теперь могли попадать в кабину через два отдельных люка с левой и с правой стороны кабины. Пилот садился с левой стороны, а штурман-бомбардир – с правой, занимая место позади и несколько ниже кресла пилота. Работы над кабиной дошли до фазы полномасштабного макета, когда окончилась война. Однако конструкторы еще успели разработать проект очередного варианта самолета. Это должен был быть вариант С-3, отличающийся только кабиной. Двигатели были сохранены, но изменено планировавшееся для С-3 вооружение, количество пушек стреляющих вперед ограничили одной MG 151/20, размещенной с левой стороны нижней части кабины. Двухместные кабины должны были выпускаться в двух вариантах – «гладкие» и с каплевидным фонарем над головой штурмана, так называемые «sichtbeule». Самолеты с новыми кабинами должны были получить новое обозначение – Ar-234 С-5. Интересен факт, что как можно понять из немецких документов, двухместная кабина должна была стать стандартной, а одноместная кабина, которая была на С-3 являлась всего лишь альтернативной модификацией. Об этом свидетельствует то, что кабина версии С-5 не обозначалась как «Restsatz». Наоборот наименование «Restsatz К1» было присвоено одноместной кабине. В связи с этим логично предположить, что Ar-234 С-3 это попросту модификация – Ar-234 С-5/К1.