Когда кампания по разоблачению Берии и чистке чекистских рядов от его единомышленников несколько утихла, Серов начал заниматься и делами разведки, которые находились в запущенном состоянии вследствие волюнтаристских действий Берии. Руководители отделов разведки стали получать какие-то осмысленные указания по работе, началось заново формирование резидентур, поиски сотрудников на роль резидентов».
Следует отметить, что И.А. Серов пользовался доверием Н.С. Хрущева, сопровождал его в зарубежных поездках, принимал непосредственное участие в политической борьбе как на внутригосударственном уровне, так и на международной арене. Так, он участвовал в венгерских событиях 1956 года. В Венгрию он прибыл в составе делегации, в которую входили члены Президиума ЦК: первый заместитель главы правительства Анастас Иванович Микоян и секретарь ЦК Михаил Андреевич Суслов. От внешней разведки в страну был направлен Александр Михайлович Коротков.
Серов руководил оперативной работой органов КГБ в Венгрии. Он дал указание особым отделам дивизий, вступивших в Венгрию, арестовывать всех организаторов мятежа, оказывающих сопротивление Советской Армии с оружием в руках, а также тех, кто подстрекал и разжигал ненависть народа к коммунистам и сотрудникам органов госбезопасности.
В 1957 году в Москве разгорелась борьба за власть между Хрущевым и его сторонниками, с одной стороны, и «старой гвардией» — с другой. 18 июня 1957 года на заседании Президиума ЦК Н.А. Булганин, В.М. Молотов, Л.М. Каганович и Г.М. Маленков предложили Н.С. Хрущеву уйти с поста первого секретаря ЦК. Но Хрущев не собирался подчиняться этому решению. С помощью председателя КГБ Серова и министра обороны Жукова в Москву самолетами военнотранспортной авиации со всей страны были доставлены члены ЦК — сторонники Хрущева. И Хрущев остался при должности.
С Серовым Сахаровскому пришлось работать с июня 1955 по декабрь 1958 года. Будучи человеком резким, грубым и бестактным, а тем более пользовавшимся поддержкой Хрущева, он не особенно церемонился в общении даже с членами советского руководства Микояном, Шверником, Кириченко и другими, а тем более с подчиненными, к которым относился и Сахаровский. К этому можно добавить то, что он имел дружеские отношения с заместителем Сахаровского Коротковым, что накладывало «особое» отношение к его руководителю.
По свидетельству ветеранов внешней разведки, среди сотрудников ПГУ бытовало устойчивое мнение, что начальник ПГУ нередко выслушивал резкие суждения председателя, но никогда не переносил их на коллектив разведки.