В тот же день Асмэра объявила частичную мобилизацию, и уже 12 мая ее мотопехотные части при поддержке роты танков выбили эфиопов из Бадме>{69}. В ответ эфиопская артиллерия начала обстрелы позиций войск Эритреи. Были прерваны авиарейсы и телефонная связь между двумя странами, закрыты все пограничные переходы.
Совместная американо-руандийская группа предложила план урегулирования конфликта. Свой вариант представила Организация африканского единства (ОАЕ), которой ООН передавала полномочия по урегулированию конфликта. Оба варианта были приняты Эфиопией и отвергнуты Эритреей, так как предполагали отвод войск на прежние позиции до 6 мая, что означало оставление Бадме эритрейцами и возвращение туда эфиопской администрации.
Армейское командование Эфиопии некоторое время не предпринимало активных действий, ограничиваясь артобстрелом позиций противника. В течение трех недель, воспользовавшись малочисленностью эфиопских войск в зоне боевых действий, эритрейцы заняли весь сектор Бадме, в центральном секторе границы они фактически без боя захватили Алитену и Заламбессу, на востоке — Бурре. Таким образом, под их контролем оказались все спорные территории.
Сформировались три сектора боевых действий (фронта). Западный — сектор Бадме, участок между реками Мэрэб и Сетит, Центральный — район городов Тсерона — Заламбессу — Алитена, Восточный — район Бурре (направление на эритрейский порт Асэб). Все три фронта оказались разделенными в связи со сложным горным и пустынным рельефом театра военных действий. Особенно большой разрыв (несколько сотен километров) образовался между Центральным и Восточным фронтами, где пролегла пустыня Данакиль. Стратегическая конфигурация фронтов была такова, что прорыв на одном из направлений все равно не давал возможности эфиопам нанести решающий удар на Асмэру.
6 июня 1998 г. эфиопские части начали контрнаступление. Тяжелые бои развернулись за Заламбессу. 9 июня эфиопы объявили о взятии города. Но эритрейская оперативная группировка в составе двух бригад при поддержке авиации и батарей реактивных систем залпового огня БМ-21 отбила эту атаку. Эфиопы потеряли несколько танков и бронемашин. Город два раза переходил из рук в руки, но в итоге остался за эритрейцами>{70}.
17 июня в районе Бурре была блокирована элитная эритрейская мотострелковая бригада, отправленная в рейд по эфиопским тылам>{71}. К концу июня бои практически прекратились. С июля по ноябрь в регионе наступает сезон дождей, который делает непроходимой и без того слабую дорожную сеть. В этот период противники сосредоточились на перевооружении, усилении и подготовке своих боевых частей.