Традиционная структура афарского общества в многом схожа с сомалийским. Она основана на родственных группах, возглавляемых вождями, где старшинство передается по мужской линии. Эти группы объединяются в племена, но действуют вместе только в случае вражды с соседним племенем. Существует также некое классовое разделение на асаймара (красные люди) и адоймара (белые люди), что соответственно означает землевладельцев и, более низких по статусу, фермеров-арендаторов>{107}. Традиционные методы разрешения конфликтов, такие как кровная месть и компенсация за преступление, между родовыми группами и племенами также характерны для афар. Афары, как и сомали, мусульмане, однако чуть менее ортодоксальные, в их каноне присутствуют элементы ранней кушитской религии>{108}.
Противоречия между двумя самыми большими общинами французской колонии Французский Берег Сомали, по понятным причинам, не носили острый политический характер в период колониального правления. После предоставления Джибути статуса «заморской территории» в 1956 году борьба за независимость страны усилилась. Лидерами выступали представители исса, создавшие Демократический союз Сомали (ДСС). На референдуме 1958 года по статусу ФБС большинство исса (тогда 25% населения) проголосовали за независимость>{109}. Показательно, что статус «заморской территории» был одобрен большинством голосовавших, то есть большинством афаров. Но создание Сомалийской республики в 1960 году вызвало сильнейшую политическую активность в ФБС. Лидеры афар, исса и других общин сомали подписали в городе Арта так называемые «Артинские соглашения», выступая за широкую автономию в рамках Французской республики. Но главное, в Могадишо представители ДСС создали Фронт освобождения Берега Сомали, выступивший за объединение ФБС и Сомали. Одновременно афары сформировали свою организацию Движение за освобождение Джибути (ДОД), ориентированное на связанную с Эфиопией автономию. И в дальнейшей антиколониальной борьбе если исса выступали за независимость, то афары — только за автономию внутри Французского сообщества.
На референдуме 19 марта 1967 года афары вновь подтвердили эту позицию, поддержав новый статус ФБС — «ассоциированная заморская территория» Франции. В томе же году страна стала называться Французская территория афаров и исса (ФТАИ). Новый орган местного самоуправления возглавил лидер профранцузского Демократического союза афаров Али Ареф. Именно он позже выступил с программной идеей создания «Великого Данакил» из афарских территорий в Джибути и Эфиопии. Интересно, что в 1972 году Хасан Гулед Аптидон и Ахмед Дини Ахмед, два главных антипода гражданской войны, создали межэтническую (афар и исса) Африканскую народную лигу за независимость. Лига на время нивелировала различность точек зрения на будущее страны в двух общинах. И именно Аптидон был избран председателем Правительственного совета 13 мая 1977 года, после референдума, на котором 98% джибутийцев отдали свои голоса за независимость