Прибыв в Тобольск вместе со своим отрядом 22 апреля 1918 года, В.В. Яковлев сумел быстро разобраться в причинах возникшего конфликта, а также понять всю серьёзность создавшегося положения.
Назначив отъезд на 26 апреля, он решает вывезти лишь троих членов Царской Семьи — Государя, Государыню и Великую Княжну Марию Николаевну, а остальных (в виду болезни Наследника Цесаревича) временно оставить в Тобольске, чтобы потом, с открытием весенней навигации, осуществить их дальнейший переезд. Решено было также, что сопровождать в дороге Августейших Особ будут Князь В.А. Долгоруков, доктор Е.С. Боткин, А.С. Демидова, Т.И. Чемадуров и И.Д. Седнев.
Приняв необходимые меры безопасности в пути следования (В.В. Яковлев был своевременно предупреждён, что во время этого переезда на членов Царской Семьи готовится покушение, а в случае помехи в этом с его — В.В. Яковлева стороны, — то и на него самого), он к вечеру 27 апреля доставляет Романовых в Тюмень, где их уже ожидает специальный Литерный поезд под № 42.
По прибытии в этот город, В.В. Яковлев почти сразу же идёт на телеграф и связывается с Я.М. Свердловым. Обрисовав вкратце ситуацию, он сообщает ему о единственном желании представителей Урала — покончить с «багажом» (так на условном языке именовалась Царская Семья), а также предлагает спрятать Её в Симском Горном Округе (горах Южного Урала).
Заручившись добром Председателя ВЦИК, В.В. Яковлев направляет свой поезд в сторону Омска, чтобы оттуда проследовать на Уфу.
Но об этих его действиях тут же стало известно членам Исполкома Уральского Облсовета, которые усмотрели в этом поступке посланца ВЦИК прямую «измену революции», посему в течение всего дня 28 апреля, вожди Красного Урала не отходили от телеграфа.
Разослав во все концы телеграммы о «преступном замысле В.В. Яковлева», а также потребовав от всех революционных организаций принять меры по задержанию его поезда, они выходят на связь с В.И. Лениным и Я.М. Свердловым, от которых требуют самых решительных действий, чтобы не допустить каких бы то ни было изменений маршрута следования. Требуют отдать немедленно распоряжение о направлении поезда В.В. Яковлева в Екатеринбург.
Не доезжая до Омска, В.В. Яковлев, оставил свой поезд в районе ст. «Куломзино», а сам, отцепив паровоз, прибыл на нем в Омск, ближе к полуночи 28 апреля, где, сам того не ожидая, встретился со своим давним товарищем В.М. Косаревым — Председателем Западно-Сибирского Совдепа. Выяснив и оговорив с ним все возникшие по вине уральцев недоразумения, они вместе проследовали на телеграф, откуда снеслись со Я.М. Свердловым.