Не останавливаясь на других методиках Фоменко, отметим одно его принципиальное разногласие с Морозовым. В интерпретации Фоменко перенос большей части средневековья в древность было не результатом якобы существовавшего у писателей обычая в эпоху Возрождения приписывать свои произведения античным авторам, а ошибок в датировке, происхождение которых можно проследить или, по крайней мере, предположить, как они возникли. Отказываясь от своеобразной «теории заговора», которой придерживался в данном случае Морозов, теперешние его преемники избавляли себя от необходимости объяснить, как о существовании такого заговора, в который должны были быть вовлечены тысячи и тысячи людей и который продолжался в течение нескольких столетий, не сохранилось ни единого свидетельства современников.
Проверяя вычисления небесных явлений в «Христе» и дополняя их собственными расчетами, А.Т. Фоменко и его единомышленники приходят к датировкам еще более поздним, чем у Морозова. (Кстати, Апокалипсис, в отличие от Морозова, Фоменко датирует не четвертым, а одиннадцатым веком.) Он пишет о «тысячелетнем провале в истории Европы» между Италией Светония, автора биографий древнеримских цезарей, и Италией Данте. Это «туманный» для нас период, в котором, если не заглядывать в справочники, возникают в памяти «Аттила и Иоанн Златоуст, король Артур и Карл Великий, эпидемии чумы и пляски Святого Витта, крестовые походы и Великая Инквизиция (хотя нет, инквизиция почти ровесница Данте), становление христианства, длиннейший список римских пап. Феодализм — „Вассал моего вассала не мой вассал“. Право первой ночи… И самое главное — невежество, тысяча лет великого невежества и полного запустения. Козы неграмотных крестьян на развалинах Афин и Рима… Могло ли такое быть?»
Ответ А.Т. Фоменко повторяет ответ Морозова: вся блестящая история античности, заполненная именами великих мыслителей, ученых, писателей, скульпторов, государственных деятелей и полководцев была «изъята» из средних веков и «перенесена» в древний мир. Вместе с тем, в отличие от Морозова, Фоменко пишет, что из этого переноса «нельзя делать вывод, будто Суллы, Юлия Цезаря, Каракаллы и других прославленных личностей, раз они оказались на „отражениях“, никогда на самом деле не было. Они были! Все они реальные герои древности. Но их жизнь была описана разными летописцами в разных хрониках. Хроники отличаются друг от друга характером изложения, мировоззрения и пр. А затем, позднее, хронологи не поняли, что эти хроники говорят об одном и том же, и раздвинули их во времени. Так раздвоились реальные персонажи. Не в жизни, а на бумаге». Это произошло уже в XVI–XVII веках нашей эры.