После такого громкого дела пуританство находит новую точку сосредоточения и становится лишь сильнее. У него немало влиятельных сторонников, например фаворит королевы Роберт Дадли, граф Лестер — он сторонник проповедничества (в отличие от королевы) и даже согласен с некоторыми кальвинистскими идеями. На более низком уровне общественной иерархии, среди джентри, пуритане заявляют, что Елизавета осталась слишком близка к католикам. В 1574 году джентльмен из Эссекса Томас Беделль заявляет: «Не паписты говорят, что сама королева — папистка, но многие другие, называющие себя пуританами». Беделля за эти слова оштрафовали на 100 фунтов, несмотря на то что он взял слова обратно и покаялся (тем самым избежав нескольких часов у позорного столба и потери обоих ушей). Большинство пуритан согласились бы с Беделлем; проблема лишь в том, что сказать так — значит перейти все границы приличия.
В этом-то и проблема пуритан. Они — религиозные мыслители, оспаривающие нынешние догматы церкви; но королева считает подобные сомнения государственной изменой. Она уже приняла твердое решение относительно религии и собирается поддерживать соглашение 1559 года как можно дольше. Когда пуританские проповедники продолжают сеять сомнения в умах прихожан, королева переходит к активным действиям: объявляет, что на одну епархию вполне достаточно одного-двух проповедников, и выбирать их будет лично она. Архиепископ Кентерберийский Эдмунд Гриндаль укоряет ее в письме, датированном декабрем 1576 года:
Увы, мадам! Неужели в Писании неясно сказано, что благая весть Христа должна проповедоваться в изобилии и что много делателей нужно выслать на жатву Господа, коей много, и нуждается она не в горстке, а в большом числе работников?
За это укоризненное письмо Гриндаля на время отстраняют от должности. Сильное желание королевы не дать развернуться пуританам влияет и на выбор следующего архиепископа в 1583 году: она назначает Джона Уитгифта. В год своего назначения Уитгифт публикует три статьи, в которых говорится, что королева обладает верховной властью над всеми, кто родился в ее королевстве; что Книга общих молитв и церковная иерархия не противоречат Писанию; и что 39 статей 1563 года угодны Богу. Последний аргумент ударил прямо в сердце противоречий между англиканами и пуританами; более двухсот священников отказываются признать его, после чего сразу же снимаются с должностей. Вильям Сесил сравнивает деятельность Уитгифта с католической инквизицией, но его статьи полностью устраивают королеву. Через четыре года депутат Энтони Коуп храбро предлагает билль об отмене всех предыдущих церковных законов и введении нового молитвенника, более соответствующего желаниям пуритан. Королева немедленно отправляет его в Тауэр.