Новая французская администрация в январе 1799 г. учредила Партенопейскую республику, но поражения в Северной Италии привели к тому, что она оказалась отрезанной от остальных французских владений. Присутствие флота Нельсона отдавало море во власть противников Франции. В конечном итоге Фердинанд смог устроить контрреволюционный переворот, который вернул ему власть над основной частью королевства — это сопровождалось сильнейшими репрессиями и преследованием всех, кто поддерживал республику.
Когда в 1804 г. снова разразилась война, на сей раз с императорской Францией, Фердинанд постарался установить с ней осторожно-дружественные отношения, хотя втайне и поддерживал контакты с противниками Империи. К несчастью, в декабре 1805 г. Третья коалиция потерпела катастрофу при Аустерлице. Этот триумф позволил Наполеону принять меры по ослаблению влияния Австрии в Германии и Северной Италии, а также дал ему возможность начать прямое давление на неаполитанских Бурбонов, которые, по его мнению, могли стать причиной неприятностей.
Бурбоны вновь были принуждены покинуть полуостров и отправиться на Сицилию, где находились под защитой британского гарнизона и британского флота. Наполеон же передал Неаполь своему старшему брату Жозефу, который был коронован 30 марта 1806 г.; Фердинанд принял титул короля Сицилии. В 1808 г., однако, в Испании «открылась королевская вакансия», и Жозеф отрекся от неаполитанского престола, который Наполеон передал своему шурину Иоахиму Мюрату. Мюрат командовал кавалерией «Великой армии» и был одним из первых маршалов Империи.
Легко понять, что Наполеон ожидал от «короля Жоакино» всемерной поддержки Империи финансами и солдатами. Мюрат оправдал надежды, за девять лет в несколько раз увеличив численность своей армии — ее части несли службу в Испании, России и Германии. В отличие от большинства других монархов и правителей наполеоновской Империи, Мюрат с готовностью направлял свои войска в различные армии, где они служили не столько самому Неаполю, сколь-ко Франции.
Мюрат настолько вошел в роль короля (и так велики бы-ли амбиции его жены Каролины, сестры Наполеона), что после 1812 г. он начал интриговать с австрийцами, подготавливая почву для перехода на сторону антинаполеоновских сил в обмен на сохранение за собой трона. К началу 1814 г. соглашение было достигнуто, и Мюрат двинул армию на север, против вице-короля Италии Евгения, поддерживая австрийцев. Только первое отречение Наполеона стало причиной того, что Мюрату не пришлось вступить в бои со своими бывшими товарищами по оружию.