В 1821 г. Головнин вернулся в Морской корпус – теперь уже в должности помощника директора. Нахлынувшие было воспоминания юности быстро сменились мрачными мыслями: альма матер переживала далеко не лучшие времена. Как вспоминал Василий Михайлович, «повсюду царили дикий произвол учителей и одичалость воспитанников». В своем желании изменить положение он нашел нескольких единомышленников среди наставников, однако они были в меньшинстве. Оттого и проработал капитан-командор в Морском корпусе меньше двух лет. Непростой была и следующая должность Головнина – в 1823-м его назначили генерал-интендантом флота. Безусловно, повышение – теперь в его подчинении находились все судостроительные верфи и береговая инфраструктура Адмиралтейского ведомства. Долг присяги и чести требовал быть дотошным, но вал бумаг начал его захлестывать. И ладно бы от них был толк, но зачастую делопроизводство «по правилам» превращалось в абсурд. Например, пришлось Василию Михайловичу заниматься «делом о сломанной лопате». Цена той лопаты – 40 копеек, а бумаги и сургуча на него ушло на полтора рубля. И это не считая времени, угробленного впустую…
Как это часто бывает, выйти из оцепенения помогло несчастье, чрезвычайная ситуация. В ноябре 1824 г. сильнейшее наводнение затопило Петербург и Кронштадт, вода и сильнейший ураган разрушили верфи и корабли, которые стихия раскидала по берегу едва ли не на сотню верст. Генерал-интенданту флота пришлось мобилизовать себя и других, чтобы восполнить потери. За шесть лет «хозяйство» Василия Михайловича выдало флоту 23 линкора, 21 фрегат, 24 шлюпа и брига, 13 шхун и яхт, 8 пароходов (первых в России), 14 транспортов, 52 канонерки, и все эти суда были вооружены и снабжены всем необходимым.
Болью в сердце отозвалось 14 декабря 1825-го: Головнину казалось, что после провала отчаянного шага декабристов в России уже не осталось места для благородных порывов и беззаветного служения родине. Василий Михайлович находил успокоение в работе, благо ее хватало: с 1827 г. в распоряжение вице-адмирала (да, он уже дослужился до адмиральского чина) были переданы кораблестроительный, комиссариатский и артиллерийский департаменты. Он немного завидовал другу Рикорду, который в это время командовал средиземноморской эскадрой, помогавшей грекам в их борьбе за независимость от Османской империи. Успокаивала мысль, что кому-то нужно готовить флот к боевым и мирным свершениям на берегу, пока на то были силы.
Здоровье особо его не беспокоило, разве что побаливало колено, ушибленное при побеге от японцев, и временами донимал ревматизм – традиционная болезнь моряков. В мае 1831 г. семейство Головниных перебралось с зимней квартиры на дачу на Петергофской дороге. В это же время по центральным губерниям страны покатилась эпидемия холеры, в середине июня она дошла и до столицы. Тут бы поберечься, пересидеть на даче, но Василий Михайлович и слышать об этом не хотел. 29 июня экипаж, по обыкновению, рано утром отвез Головнина в Петербург. А около четырех часов вечера, раньше обычного срока, его привезли назад. Василий Головнин прошел через две кругосветки, два плена и бесчисленное множество штормов и бурь. А умер на суше, сгорел буквально в один вечер – страшная болезнь не оставила ни одного шанса на спасение…