Но двое других преосвященных, Гавриил петербургский и Амвросий крутицкий, подали особое мнение: «Принять раскольников и содержать без всякого притеснения можно только на таком основании, как здешние записные раскольники содержатся. А чтоб позволить им на все то, чего они требуют, а именно: допустить им строить церкви особые, держать попов своих, иметь старопечатные книги и при тех же обрядах жить, как они поныне за рубежом живут, того дозволять предосудительно. Синкретизм, или допущение разных вер в самодержавное государство, от всех умных людей за вред оному почитается, потому что ничто так не обовязует подданных к своему государю, как единоверие с ним; вопреки же разность в вере за весьма опасну поставляется. Чего избегая, многие государи у себя возникших разноверцев всячески истребляли и истребляют. Ежели дозволить им церкви особые строить и попов особых иметь, то и архиереев особых же дозволить следует, которые не захотят от нас святиться, и потому раскольники начнут или беглых извергов наших принимать, или сами ставить. И так церковь в России может раздраться надвое. Еще в рассуждение приходит и сие: не кроется ли здесь какой обман и не подают ли поводу им, заграничным, наши домашние раскольники домогаться таких кондиций и привилегий? Ибо, чтоб заграничным возвращаться в Россию, нужды крайней не предвидится для того, что они там всякую свободу имеют и, как хотят, так веруют и живут. Правда, что в Российской империи инославным христианским религиям кирхи публичные, так и магометанам свои мольбища иметь дозволяется; но то раскольникам не в пример, ибо от тех нашим православным никакого повреждения не происходит».
Трудное дело остановилось, но путь к так называемому единоверию уже был проложен. 15 сентября Сенат и Синод имели общую конференцию по вопросу, изложенному в именном указе: так как в указе о ревизии не определено о потаенных раскольниках, какой им платить оклад, для того иметь Сенату рассуждение в общей конференции с Синодом. Синод объявил, что определение оклада для раскольников есть дело светское и потому предоставляется Прав. Сенату, с тем, однако, что тех, которые православной церкви не чуждаются и принимают таинства от православных священников, а только крестятся двоеперстным сложением, от входа церковного и таинств не отлучать.
По докладу комиссии о духовных имениях учреждена была снова коллегия Экономии духовных имений, которая должна была управлять духовными вотчинами, устраивать хозяйство, увеличивать доходные статьи, собирать денежные и хлебные сборы, содержать утвержденные штаты архиерейским домам, монастырям и прочим духовным местам, содержать штаты большим по епархиям и малым по монастырям училищным домам, довольствовать деньгами и хлебом инвалидные дома, по скольку куда определено, и самих инвалидов содержать в послушании. Президентом новой коллегии назначен гофмейстер князь Борис Куракин.