Вооруженный убедительными доводами, он поведал миру о своем открытии. Не сразу мир признал и подтвердил это важнейшее и поистине великое научное открытие конца XIX столетия. Причиной было то, что ни сам Ивановский, ни те, кто повторил его опыты, не видели возбудителей мозаичной болезни листьев табачных растений. Ивановский доказывал микробную природу косвенными путями, а в микробиологии господствовала известная «триада Коха» и из трех принципов этой доктрины надо было выделить хотя бы микробы в чистой культуре и вызвать ею экспериментальное заболевание. Второе было доказано, а первое нет. Д. И. Ивановский был убежден, что фильтрующийся вирус — микроб и имеет корпускулярную[6] природу. Будущее полностью подтвердило его точку зрения: фильтрующиеся вирусы оказались ультрамикроскопическими микробами, имеющими корпускулярную природу, определенное строение и ряд очень своеобразных свойств живых существ.
Д. И. Ивановский упорно продолжал работать. Темой его докторской диссертации по-прежнему являлась «Мозаичная болезнь табака». Наметив большую программу исследований, Ивановский строго и неуклонно следовал ей. Молодому ученому приходилось не только обосновывать свою идею, но и защищать ее от противников, не сумевших понять новизны необычных представлений о микроорганизмах. Сказывался консерватизм мышления многих микробиологов, привыкших считать микробами лишь те формы, которые удавалось видеть под микроскопом.
Большой популярностью в те годы пользовалась теория голландского ученого М. Бейеринка о «жидком живом контагии», заразном начале, вызывавшем мозаичную болезнь листьев табака. Гипотеза Бейеринка легко увязывалась с представлениями об известных в то время микробных токсинах (ядах). Но Ивановский продолжал исследования и поиски доказательств ультрамикроскопической природы фильтрующихся вирусов — возбудителей мозаичной болезни табака. Лишь в 1903 г. после десятилетних исканий Ивановский завершает диссертацию, которая получила весьма высокую оценку передовых ученых. В диссертации были заложены основы методики вирусологических исследований и ряда представлений о свойствах фильтрующихся вирусов. Ивановский опроверг гипотезу Бейеринка о «неорганизованном заразном начале». К чести Бейеринка, который, внимательно ознакомившись с опытами и доводами Ивановского, признал не только его правоту, но и приоритет в открытии вирусов. Признание было полным, хотя и поздним. Оно пришло после смерти ученого. И прав был У. Стэнли, когда говорил, что «право Ивановского на славу растет с годами».