Экипажи российских кораблей включали флотских чинов (до 63% общей численности, в их числе штурманов, матросов, плотников и т. п.), чинов морской артиллерии (до 11%, в их числе канониров и бомбардиров) и чинов морских батальонов (до 28%, в их числе гренадеров и мушкетеров). Значительная часть матросов и артиллеристов имели большой опыт службы и были хорошо подготовлены. Однако некомплект личного состава вынуждал брать на корабли офицеров и солдат армейских полков, которые составляли до 22,5% численности экипажей (корабельный флот, 1790 год).
Большинство флотских офицеров были выпускниками Морского шляхетного кадетского корпуса в Санкт-Петербурге, часть из них имела богатый морской и служебный опыт. В числе наиболее опытных были и достигшие штаб-офицерских чинов англичане, греки и славяне — волонтеры времен русско-турецкой войны 1768–1774 годов (Р. Вильсон, П. Алексиано, В.Ф. Тиздель, М.И. Войнович и другие). Греки командовали и крейсерскими судами, получая в награду офицерские чины. Хронический некомплект флотских офицеров, порой достигавший 50%, вызывал необходимость пополнения экипажей мичманами из «Корпуса иностранных единоверцев» и гардемаринами из Морского кадетского корпуса, основанного в 1786 году в Херсоне. Были случаи присвоения флотских чинов армейским офицерам, а также нового приема на службу иностранцев. Таким образом, офицерский состав флота был не таким национально однородным, как рядовой: нижние чины в подавляющем большинстве были православными россиянами.
Высший начальствующий состав Черноморского флота в 1787 году, кроме главнокомандующего Г.А. Потемкина, представляли: старший член Черноморского адмиралтейского правления контр-адмирал СИ. Мордвинов, командующий Севастопольским корабельным флотом контр-адмирал М.И. Войнович, исполняющие обязанности младших флагманов капитаны бригадирского ранга П. Алексиано и Ф.Ф. Ушаков. Просвещенный моряк и неплохой администратор, Н.С. Мордвинов в серьезном деле оказался весьма слабым флагманом, заслужив у А.В. Суворова ироническое прозвище «академика». Герой минувшей войны с турками и георгиевский кавалер граф М.И. Войнович в условиях явного превосходства противника также проявил себя нерешительным флотоводцем, покорным, но пассивным исполнителем воли главнокомандующего. Паниоти Алексиано, еще более М.И. Войновича отличившийся в 1770–1773 годах и получивший 4-ю и 3-ю степени ордена Св. Георгия, не имел необходимого старшинства в чине, а в июле 1788 года, только что став контр-адмиралом, скоропостижно скончался. Энергичный и самостоятельный бригадир Ф.Ф. Ушаков, выпускник Морского корпуса 1766 года, командовавший фрегатами и кораблями в дальних плаваниях, в начале войны занимал подчиненное положение и был ограничен в своих решениях.