В 1791 году с флотом из 16 линейных кораблей он нанес завершающее поражение флоту противника (18 линейных кораблей) при Калиакрии (у берегов Болгарии). В 1799 году, во время войны с Францией, объединенный русско-турецкий флот под командованием Ф.Ф. Ушакова в Средиземноморской кампании десантами занял Ионические острова и заставил капитулировать сильную приморскую крепость на о. Кофу (Керкира).
В войне с Францией в 1804–1807 годах на Средиземном море был сосредоточен целый флот из 16 балтийских и черноморских линейных кораблей, а также других судов и дивизии сухопутных войск под главным командованием вице-адмирала Д.Н. Сенявина.
Эти силы, базируясь на Корфу, в 1806–1807 годах добились значительных успехов в боях с французами, на побережье и в акватории Адриатического моря. С началом русско-турецкой войны 1806–1812 годов Д.Н. Сенявин начал развертывание части своего флота в Эгейском море, где в 1807 году дважды поразил турок при Дарданеллах и Афоне, сохранив завоеванные позиции в Адриатике.
Однако противоборство с французами решилось в сражениях на суше, где русская армия не смогла одолеть противника. По условиям Тильзитского мирного договора 1807 года Россия лишилась базы на Ионических островах, а флот Д. Н. Сенявина оказался заложником коренного изменения политической обстановки. В результате адмирал был вынужден оставить часть кораблей в Средиземном море, где большинство из них продали французам, а часть кораблей передали англичанам на сохранение до заключения мира с Англией, нарушенного в 1807 году.
В войне с Турцией 1806–1812 годов Черноморский флот, несмотря на некоторые успехи, серьезной роли не сыграл. Так, намеченный в 1807 году высшим военно-морским руководством план действий против Константинополя (Истанбула) не был выполнен из-за несостоятельности командования флотом и войсками на юге России. В итоге победа в 1812 году была обеспечена военными и дипломатическими успехами известного генерала М.И. Кутузова.
В Средиземноморской кампании 1827 года главную задачу вновь решил Балтийский флот, эскадра которого под командованием контр-адмирала Л.П. Гейдена в составе союзного англо-франко-русского флота разгромила турецко-египетский флот при Наварине.
Русско-турецкая война 1828–1829 годов была отмечена активными действиями Черноморского флота под командованием вице-адмирала А.С. Грейга против турецких крепостей на западном побережье моря. В то же время главный командир флота пренебрег ближней блокадой Босфора, что привело к потере фрегата «Рафаил» и фактически безнаказанным походам сравнительно слабого флота Османской империи, который, однако, потерпел неудачу в погоне за маленьким героическим бригом «Меркурий».