В Воронежском адмиралтействе и на 9 других верфях трудились тысячи крепостных крестьян, корабельные мастера, офицеры и матросы приглашались из-за границы. В 1694–1699 годах из Голландии, Англии, Дании, Швеции, Венеции прибыло до 170 одних только корабельных мастеров и подмастерьев, из которых около 80% составляли голландцы.
Однако уже в 1697 году Петр I направил за границу для обучения кораблестроению и навигации 60 молодых дворян, а вскоре и сам в составе Великого посольства, вместе с ближайшими помощниками, поехал учиться морскому делу. В 1697–1698 годах царь постигал практику кораблестроения в Голландии, теорию — в Англии, получил аттестат корабельного мастера, привезя в Россию не только знания и навыки, но и модели кораблей, книги, приборы и инструменты.
С 1698 года первых российских моряков обучал в своей «навигацкой школе» на реке Миус уроженец берегов Адриатики М. Меланкович. В августе 1699 года в Москве начал преподавание навигации и астрономии приглашенный Петром I воспитанник Эбердинского университета Генри (Андрей Данилович) Фарварсон (умер в 1739 г.).
14 января 1701 года в столице, в Сухаревой башне, указом Петра было основано первое в России высшее светское учебное заведение — «Школа математических и навигацких наук», или Навигацкая школа. Профессором навигации и астрономии в школе стал А.Д. Фарварсон, математику преподавал Л.Ф. Магницкий, автор известного учебника по арифметике. Школа была рассчитана на 200 человек и выпускала навигаторов, которые после практики на флоте по экзамену становились морскими офицерами или штурманами, а также специалистов для армии и гражданской службы. Вначале Петру I пришлось загонять некоторых дворян в школу грозными указами, а в 1711 году в ней обучалось уже 500 учеников в возрасте от 15 до 33 лет.
К 1700 году «кумпанства» построили 134 различных корабля и судна, однако качество последних из-за поспешности постройки, низкой квалификации мастеров и финансовых злоупотреблений оставляло желать много лучшего. Указом от 20 апреля 1700 года строительство кораблей было полностью передано от кумпанства государству. Казнокрада А.В. Протасьева Петр I заменил Ф.М.Апраксиным, поставленным во главе нового Адмиралтейского приказа.
Федор Матвеевич Апраксин (1661–1728 гг.), родственник дома Романовых (брат царицы Марфы, жены царя Федора Алексеевича), был в числе первых сподвижников Петра I по созданию «потешных» войск и флота. С 1693 года в должности двинского воеводы и губернатора Архангельска он руководил там созданием новой верфи для морских судов, потом участвовал во втором Азовском походе и изучал морское дело в составе Великого Посольства. Проявил себя незаурядным администратором, а впоследствии полководцем и флотоводцем и с 1706 года возглавил российский флот. В 1700–1706 годах Ф.М. Апраксин непосредственно руководил строительством кораблей, адмиралтейств в Воронеже и Таврове, военного порта в Таганроге, где предполагалось устроить гавань для помещения 200 судов.