Когда же, во время заговора правительницы Софьи, в 1689 году Петр был вынужден скрываться в стенах Троице-Сергиева монастыря, Брюс оказался в числе тех, кто «…с великим поспешением к нему приехали, и, живучи в Троицком монастыре, государское здоровье оберегали и в людских харчах и в конских кормах нужду и убытки терпели».
После осады Азова в 1696 году Брюс, за храбрость, был произведен уже в полковники. Далее же было Великое посольство в Амстердаме и путешествие небольшой группой по Европе, вместе с непримечательным «Петром Михайловым», как назывался сохраняющий инкогнито Петр.
По возвращении в Россию Брюс стал правой рукой Петра по научной и артиллерийской части. Довольно любопытна их переписка, где «покорный холоп Якушко Брюс» подробно поясняет царю, присматривавшем тогда за строительством флота в Воронеже, как «потемнение слнца примечать» (при затмении), или «…как сыскать полус (полюс – А.А.), не имея инструментов, кроме циркуля и линеала. Он же помогал составить воинские артикулы (уставы), проштудировав, предварительно уставы европейских стран.
В 1700 году Петр начинает Северную войну, за выход к берегам Балтийского моря. Брюс командует петровской артиллерией. Решающий бой грянул под Полтавой, когда, 27 июня 1709 году дрогнувшие полки Карла XII понесли огромный урон от батарей, умело расставленных Брюсом, бывшим, кроме всего прочего, очень хорошим картографом.
В этот день «птенцы гнезда Петрова» потрудились на славу, говоря пушкинским стихом: «…И Шереметьев благородный, и Брюс, и Боур, и Репнин». По окончании сражения Брюс из рук царя-победите– ля принял высокий орден Андрея Первозванного.
В 1721 году миссия Брюса подписала Ништадтский трактат о мире с Швецией. Получив весть об этом событии, «не чаянную так скоро», Петр собственноручно благодарственно писал:
«Славное в свете сие дело ваше никогда забвению предатися не может, а особливо поелику николи наша Россия такого полезного мира не получала».
Брюсу было пожаловано графское достинство. Карьеру свою он закончил фельдмаршалом.
Впрочем, соратники Петра, подобно ему самому вмешивались в десятки дел одновременно. Таков был и Брюс. Именно он пристрастил ставшего потом выдающимся историком В.Н.Татищева к истории и географии, подарил ему всемирно известный список рукописи «Повесть временных лет». Недаром в предисловии к знаменитой «Истории российской» ее автор признательно отзывался о Брюсе, как о своем «командире и благодетеле», человеке «высокого ума, острого рассуждения и твердой памяти».
Любопытно отметить, что в своем «Лексиконе» Татищев в толковании слова «Временщик, фаворит», перечисляя несколькихизвестных ему временщиков, оставивших осле себя «похвалувечную», «каковых весьма редко» можно встретить, называет и Брюса. Каков же должен быть достойный временщик? «Нельстец и хисчик казны, а народу не обитчик и довольно себя по правилам мудрости содержит».