Книга вторая содержала постановления о старшинстве чинов, о почестях и внешних отличиях кораблей, «…о флагах и вымпелах, о фонарях, о салютах и флагах торговых…». Книга третья раскрывала организацию боевого корабля и обязанности должностных лиц на нем. Статьи о капитане определяли его права и обязанности, а также содержали указания о тактике корабля в бою. Последние имели ту особенность, что почти не касались тактики ведения одиночного боя, предусматривая главным образом действия корабля в линии с другими судами.
Книга четвертая состояла из шести глав: глава I — «О благом поведении на корабле»; глава II — «О слугах офицерских, сколько кому иметь надлежит»; глава III — «О раздаче провианта на корабле». Глава IV — «О награждении», «…дабы всякой служащий во флоте ведал и был благонадежен, чем за какую службу награжден будет». Она определяла награды за взятие неприятельских судов, вознаграждение раненных в бою и состарившихся на службе. Главы V и VI — о разделении добычи при захвате неприятельских судов. Книга V — «О штрафах» состояла из двадцати глав и представляла собой военно-морской судебный и дисциплинарый уставы. Наказания отличались жестокостью, характерной для нравов того времени. За разные провинности предусматривались такие наказания, как «розстреляние», килевание (протаскивание провинившегося под днищем корабля), которое, как правило, заканчивалось для наказуемого мучительной смертью, «биение кошками» и т. д.
К Морскому уставу были приложены формы ведомостей судовой отчетности, Книга сигналов и Правила дозорной службы.
Устав Петра I с незначительными изменениями и дополнениями просуществовал до 1797 года и выдержал восемь изданий. В 1797 году был опубликован новый «Устав военного флота», сильно отличавшийся от петровского. В разделах тактики он отражал взгляды на ведение боя тогдашних британских адмиралов и был обстоятельно разработан.
С годами, под влиянием усовершенствования технических средств военно-морского флота и появления паровых кораблей, этот устав также устарел, и в 1850 году был образован комитет для подготовки нового Морского устава, изданного в 1853 году. В отличие от прежних в нем не было постановлений, касающихся тактики: комиссия посчитала, что это не составляет предмета закона. В уставе 1853 года практически отсутствовали постановления о ведении боя, также разделение флота на части, правила составления судовых расписаний, классификация артиллерии корабля.
После 1853 года полной переработки устава не производилось. Трижды назначались комиссии для пересмотра Морского устава, однако деятельность их ограничивалась лишь частичным изменением его отдельных статей: общий дух устава оставался неизменным. Таковы были новые редакции Морских уставов 1869–1872, 1885 и 1899 годов.