Усовершенствования внедрялись на нашем парусном флоте с большим трудом. И все же конструкции кораблей и судов постепенно совершенствовались. Так, во второй половине 90-х годов XVIII века во внутреннем креплении трюма начали применяться металлические детали, подводную часть корпуса начали обшивать медью. В начале ХIХ века повсеместно началась замена транцевой кормы более прочной сферической.
Особенно много копий было сломано в нашем флоте в конце ХVIII века по введению сплошной палубы, соединяющей бак с ютом и закрывающей шканцы. Это нововведение представляло существенные удобства как для управления парусами, так и для легчайшего спуска баркаса и, наконец, давало новую закрытую батарею. Когда же для опыта в Черном море были построены два линейных корабля с закрытыми шканцами, приверженцы старины во главе с вице-адмиралом Ушаковым нашли это нововведение неудобным и опасным. Они считали, что постановка орудий на возвышенной части палубы уменьшает устойчивость корабля, а в закрытой палубе пороховой дым будет затруднять действия орудий. Борьба сторонников и противников этого нововведения растянулась на много лет, пока выгодность и перспективность нововведения не стала очевидной для всех.
Разумеется, качество постройки кораблей и судов во многом зависело от квалификации кораблестроителей и в первую очередь плотников. Низкое качество судостроения в XVIII веке вынудило принимать меры для повышения качества плотницкого труда при строительстве судов и на отечественных верфях. К примеру, чтобы улучшить качество работ, а заодно и осуществлять обучение плотницкому мастерству, участвующих в строительстве кораблей и судов плотников разделяли на десятки, состоящие из одного десятника, двух хороших плотников, трех посредственных и четырех новичков. Десятник отвечал за качество работы, а также за поведение людей своего десятка. Три десятка плотников составляли „компанию“ и подчинялись плотницкому комендору. Несколько комендоров подчинялись уже непосредственно корабельному мастеру, ведавшему строительством судна. Любопытно, что плотницкий инструмент, во избежание его хищения или поломки, выдавался плотникам в начале постройки судна в их собственность. Присутствовала и материальная заинтересованность. Чтобы опытных плотников не переманивали на другие работы, им платили достаточно неплохое жалование, помимо этого оплачивали покупку одежды и сапог, организовывали питание. В зимнее и холодное время плотницкие работы старались производить в специальных сараях. По возможности внедрялись специальные механизмы, краны, шпили, а потом и паровые машины. Для лучшей организации работ двум корабельным мастерам на верфи присваивали звание директоров. При этом один из директоров заведовал всеми кораблестроительными материалами, а второй занимался непосредственно организацией работ. Для составления чертежей и разбивки корабельных членов на плазе имелись особые специалисты – драфцманы. Все корабельные мастера и другие, наиболее ценные специалисты, имели повышенное жалованье, казенные квартиры или квартирные деньги, чтобы эти лица „могли быть совершенно чужды корыстолюбия и всяких предосудительных видов, но руководствовались бы правилами чести, усердия и ревности к службе“.