Но потом Англия потеряла прежнее значение для Марии, потому что ее свекор, Генрих II, был случайно убит на турнире. Мария и ее молодой муж Франциск внезапно оказались на троне Франции, а Англия и Шотландия отошли на второй план.
В Шотландии тем временем пышно цвела Реформация. Ни в одной стране Европы протестантизм не владел умами так, как в Шотландии. Северные кланы и некоторые семьи, такие как Гордоны из Хантли и Лесли из Гленкирха, упрямо придерживались старой веры, несмотря на то что под влиянием мастера Джона Нокса протестантская вера была провозглашена единственной, а католицизм оказался вне закона. Мария Гиз, женщина широких взглядов, которая позволяла существовать всем религиям и даже защищала английских протестантов от инквизиции Марии Тюдор, теперь повсеместно осуждалась за свою веру.
Устав от обязанностей, которые несла на своих плечах двенадцать лет, Мария умерла, оставив Шотландию в руках единокровного брата своей дочери Джеймса Стюарта, старшего незаконного сына Якова V. В конце этого же года хрупкий и болезненный Франциск умер. Марии Стюарт казалось, что ее траур никогда не закончится. Новый король Франции в свои десять лет был не кем иным, как игрушкой в руках своей матери Екатерины Медичи. Она хотела избавиться от невестки и отправить ее в безвестность, в одно из французских поместий, но Мария Стюарт вместо этого вернулась в Шотландию, чтобы занять принадлежавший ей по праву трон.
Елизавета не желала обеспечить безопасность путешествия своей кузине на пути из Франции в Шотландию. Джеймс Хепберн, лорд-адмирал Шотландии, четвертый граф Босуэлл, лично явился, чтобы проводить свою королеву. Джон Нокс злобно проповедовал, проклиная женщин, правительниц Шотландии, объявил их царствование незаконным и всячески чернил Марию Стюарт. Но та все равно приехала домой, и скорость, с которой она проделала путешествие, поразила всякого, тем более что к ее прибытию ничего не было готово. Тот факт, что порт Лит и все шотландское побережье были окутаны густым туманом, который не рассеивался несколько дней, лишь придал веса мрачным предсказаниям Джона Нокса.
Мария, однако, взяла в ближайшие советники своего единокровного брата Джеймса Стюарта, о котором вспоминала с великой любовью. Мария Гиз мудро собрала бастардов мужа под свое крыло. Джеймс был старшим братом, к которому крошечная королева прибегала со всеми своими бедами. Теперь он стал ее первым министром и помогал править вместе со статс-секретарем ее покойной матери Уильямом Мейтландом, лэрдом Летингтоном. Мария решила вновь назначить его на эту же должность.