Начавшаяся война показала нежизнеспособность этого подхода и заставила пересмотреть взгляды на тыловое снабжение. 16 июля 1941 года по приказу Наркомата обороны было образовано автомобильно-дорожное управление под началом генерал-майора технических войск З.И. Кондратьева. Приказом ему было предписано сформировать 35 автобатальонов, 8 дорожно-эксплуатационных полков, 11 военно-дорожных и мостовых батальонов, а также создать сеть военных автодорог.
Часто изменения системы тылового снабжения происходили в результате реорганизации соединений, прямо в ходе боев. Например, 5-я армия Юго-Западного фронта столкнулась с трудностями снабжения уже 26 июня. По докладу начальника оргмоботдела полковника Щербакова стало ясно, что мобилизация сорвана, призывников, конского состава и автотранспорта не будет. В то же время немцы разбомбили значительную часть стационарных складов, оборудованных до войны, что поставило армию перед необходимостью снабжения с фронтовых баз, размещенных на рокадной железной дороге Коростень – Житомир, восточнее старой границы, в 250–300 км от линии фронта.
В этой ситуации очень помогли бы автоколонны фронтового подчинения, способные перевезти грузы снабжения от баз и станций к войскам. Но таковых в наличии не оказалось, и все требования командующего армией генерал-майора М.И. Потапова выделить ему хотя бы один автобат для перевозки боеприпасов остались без ответа. Потому 26 июня Военный совет армии принял решение реорганизовать систему снабжения. Были созданы подвижные склады вблизи линии фронта, на которые грузы с фронтовых баз и распорядительных станций доставляли поезда-летучки, а с подвижных складов грузы подавались в корпуса и дивизии, для чего провели мобилизацию лошадей и телег у местного населения[162]. Этот способ снабжения армии требовал определенного искусства, поскольку требовалось быстро разворачивать и сворачивать подвижные склады, оперативно реагировать на перерезание дорог противником, оборонять склады и колонны от налетов вражеской авиации. Но этот метод помог улучшить снабжение армии, которая втянулась в упорные бои.
Это обстоятельство еще раз подчеркивает значение железнодорожной сети для ведения войны. 5-я армия могла перейти к использованию железнодорожных поездов-летучек, поскольку сражалась в районе с весьма неплохо развитой сетью железных дорог. А вот армии Западного фронта не имели подобных условий и в результате после потери большей части складов остались без боеприпасов, горючего и продовольствия. Если бы план развития железных дорог в западных районах был завершен, то оборона была бы несравненно более устойчивой, и катастрофы Западного фронта в Белостокско-Минском сражении могло и не произойти.