Его генералы были деморализованы и тоже просили мира. Карл предложил Наполеону заключить перемирие и отказался от командования. Его воинская карьера была закончена.
Габсбургская монархия стояла на краю гибели. Победитель не скрывал своего намерения расчленить ее или по крайней мере добиться отречения императора Франца, которого считал главным виновником этой войны. В качестве кандидатов на престол рассматривались эрцгерцоги Карл и Фердинанд. Оба не горели желанием «подсиживать» брата, хотя последний и заявил, что во имя блага государства и династии готов отказаться от власти. Тем не менее традиционная лояльность Габсбургов по отношению к главе семьи сыграла свою роль: отречению императора династия предпочла самое тяжелое из всех мирных соглашений, когда-либо подписанных ее представителями. Шёнбруннский мир, заключенный 14 октября 1809 г., означал для Австрии потерю Зальцбурга, Иннской четверти, Каринтии, Западной Галиции и всего Адриатического побережья с Триестом. Габсбурги лишились территории в 100 тыс. кв. км с населением в три с 3,5 млн. человек. Численность австрийской армии ограничивалась 150 тыс. солдат и офицеров. Габсбургская монархия не была унижена до такой степени, как Пруссия, но ее значение в европейской политике резко уменьшилось: из великой державы она превратилась во второстепенную страну.
Победа Франции в войне 1809 г. похоронила прежнюю систему государственно-политического устройства Центральной Европы, ядром которой была монархия Габсбургов. Наполеон, считавший себя преемником Карла Великого, возрождал давнюю универсалистскую мечту о единой европейской империи под властью одного государя — но на новых принципах, рожденных французской революцией. Много позднее, уже на острове св. Елены, низложенный император так — несколько приукрашивая — описывал свои цели: «Можно было бы подумать о Соединенных Штатах Европы по образцу Америки... Я хотел подготовить объединение основных интересов Европы — примерно так же, как у нас в стране объединил партии... Возникающее недовольство народов меня мало заботило — результат все равно повернул бы их ко мне... Европа вскоре фактически стала бы единым народом, путешествуя по ней, каждый находился бы в общем отечестве...»
В этой Европе не было места ни Габсбургам, ни их многонациональной монархии, объединенной на основе совсем другого принципа, органически чуждого Наполеону, — легитимистско-династического. Отныне, чтобы выжить, Австрия должна была прибегнуть к самым экстравагантным средствам. И тогда в Вене вспомнили о старом оружии австрийского дома — династических браках.