Решение мексиканского конгресса об установлении монархии и приглашении Максимилиана на трон оказалось, по сути дела, фикцией. Реальной силой в руках новоявленного императора был лишь французский экспедиционный корпус, от которого в решающей степени зависела судьба монархического режима. Вряд ли Максимилиан сознавал это, давая согласие принять корону далекой и совершенно не известной ему страны. Тем более авантюристическим выглядит его решение, продиктованное, с одной стороны, честолюбием, а с другой — характерным для многих Габсбургов сознанием собственного высокого предназначения.
14 марта 1864 г. императорская чета отплыла на фрегате «Новара» к берегам своей новой родины. Путешествие было долгим и утомительным, Мексика же оказалась необычайно бедной и негостеприимной. Первую ночь в новом императорском дворце Максимилиан провел... на бильярдном столе: так донимали его клопы. Жара, пыль, тропические болезни, враждебное или в лучшем случае равнодушное население, постоянные вылазки отрядов Хуареса и вероломная политика Франции — все это обрушилось на голову молодого монарха.
В ночной тиши под сенью девственного леса Хуарец, действуя как двигатель прогресса,
Забывшим начисто, как выглядят два песо,
Пеонам новые винтовки выдает.
Поначалу императорским войскам, большую часть которых составляли части французского экспедиционного корпуса, другую — добровольцы, набранные в габсбургских землях, и лишь меньшинство — монархически настроенные мексиканцы, удалось отбросить республиканцев в отдаленные районы страны. Однако для Наполеона III, встревоженного резким усилением Пруссии, Европа теперь значила куда больше, чем далекая Мексика. К тому же там вряд ли можно было ожидать скорой победы, а вместо возвращения старых долгов поддержка Максимилиана требовала от французской казны все новых и новых расходов. Бонапарт дал задний ход: начался вывод французских войск из Мексики. Габсбург, волей судьбы и собственного честолюбия занесенный за океан, отныне был предоставлен самому себе.
В 1866 г. ситуация в Мексике решительнъш образом изменилась: Хуарес перешел в контрнаступление на севере и юге страны. Император лично водил в атаку свои редеющие войска, но шансы на успех убывали с каждым сражением. Шарлотта отплыла в Европу, где попыталась заручиться поддержкой великих держав для своего супруга. Эта миссия оказалась, для нервной, склонной к рефлексии женщины непосильным бременем: во время визита в Рим, к папе, у Шарлотты начались припадки безумия. Она страдала манией преследования и тяжелыми депрессиями. Состояние императрицы быстро ухудшалось; вскоре она уже ничего не помнила и никого не узнавала. В таком состоянии несчастная и провела остаток своей необычайно долгой жизни