Между тем Сиси в последние годы жизни еще больше отдалилась от своего супруга. Они по-прежнему обменивались неясными письмами, иногда встречались, но в целом стали почти чужими людьми. Самоубийство кронпринца Рудольфа в 1889 г. потрясло и без того хрупкую психику Елизаветы; с тех пор ее поведение стало еще более странным, а тоска и мечты о смерти окончательно завладели душой императрицы. «Ад порой ждет человека уже на земле», — как-то заметила она. В последний раз супруги были вместе в июле 1898 г.— в том самом Ишле, где когда-то познакомились. Франц Иосиф был в штатском; привыкший к военной форме, он чувствовал себя не в своей тарелке. Они долго гуляли по аллеям парка — две фигуры в черном, грустные тени прошлого. Вскоре Сиси уехала в Швейцарию, к Женевскому озеру; Франц Иосиф вернулся в Вену. Обязанности монарха превыше всего — это Франц Иосиф твердо усвоил еще в ранней юности.
В половине пятого вечера 10 сентября 1898 г. генерал-адъютант императора граф Паар вошел в кабинет Франца Иосифа. Он принес телеграмму из Женевы, в которой значилось: «Ее Величество императрица тяжело ранена». Через несколько минут явился другой адъютант — со следующей телеграммой: «Ее Величество императрица скончалась». Франц Иосиф медленно опустился на стул и пробормотал: «Похоже, в этой жизни ничто меня не миновало...» Вскоре стали известны подробности случившегося: императрица в сопровождении придворной дамы направлялась на пароход, который должен был доставить ее в Монтрё. На набережной к ней подбежал бедно одетый, всклокоченный молодой человек, сильно ударил в грудь и тут же скрылся. Императрица упала, но быстро поднялась и, спросив фрейлину, чего же хотел «этот страшный человек», в недоумении продолжила путь. Лишь 15 минут спустя, уже на борту парохода, Елизавете стало плохо, она потеряла сознание и через некоторое время скончалась.
На груди императрицы, в области сердца, нашли небольшую, почти не кровоточившую ранку. Как оказалось, убийца, итальянский анархист Луиджи Луккени, ударил ее остро заточенным напильником. Целью Луккени не была именно австрийская императрица: на допросе итальянец, арестованный через несколько минут после покушения, признался, что хотел совершить «выдающийся поступок во имя освобождения человечества». Наиболее подходящим Луккени казалось убийство какой-нибудь высокопоставленной особы. Елизавета, оказавшаяся в Женеве в одно время с молодым анархистом, была в этом смысле наилучшей мишенью. Швейцарский суд приговорил Луккени к пожизненному заключению. В 1910 г. убийца Сиси повесился в тюремной камере.