В 1583 г. император перебрался из Вены в Прагу — как оказалось, навсегда. Легко увидеть в этом бегство Рудольфа II от суеты двора, государственных забот и от людей вообще, что было свойственно этому странному государю. Впрочем, для Переезда имелись и политические основания: в Чехии Рудольф был полновластным королем, в то время как значительная часть австрийских владений находилась к тому времени под управлением штирийских родственников императора, лишь номинально подчинявшихся главе габсбургского дома. Рудольф обосновался на Градчанах, где прожил почти 30 лет практически безвылазно. Там он предавался занятиям, которые, собственно, и принесли славу этому никчемному монарху, но весьма неординарному человеку.
Прага при Рудольфе II стала настоящей Меккой для людей науки и искусства, а также тех, кто выдавал себя за таковых. В окружении императора были знаменитые астрономы Тихо Браге и Иоганн Кеплер, художники Бартоломеус Шпрангер и Джузеппе Арчимбольдо (его кисти принадлежит, наверное, самый странный портрет Рудольфа II, на котором лицо и фигура императора выложены из множества фруктов, цветов и растений), скульптор Адриан де Врис, множество ремесленников, ювелиров и, конечно, астрологов, алхимиков и колдунов, к деятельности которых император, несмотря на католическое воспитание, испытывал огромный интерес. Один из этих людей, некий англичанин Эдуард Келли, выдававший себя за мага, буквально околдовал Рудольфа своими обещаниями найти способ производить золото «столь же быстро, как курица клюет зерна». На подобные прожекты император не жалел сил и средств, хотя его финансовое положение далеко не всегда было блестящим.
Интересовался Рудольф и мистикой, в частности еврейским каббалистическим учением. Многочисленная еврейская община Праги при нем чувствовала себя весьма комфортно, практически не подвергаясь гонениям. (Однако еврейским погромам в других городах империи Рудольф II никак не препятствовал.) В эту эпоху возникло множество легенд и преданий, которые стали частью истории чешской столицы и придали ей загадочный, мистический оттенок. В XIX столетии эти легенды были литературно обработаны чешскими и немецкими авторами и получили большую популярность. Наиболее известная из них — история создания пражским раввином Лёвом глиняного великана Голема, который ожил после того, как раввин вложил в него свиток с магическими заклинаниями.
Рудольф II был крупнейшим меценатом и коллекционером своей эпохи. Он собирал драгоценные камни и ювелирные изделия (подобно своему прапрапрадеду Фридриху III, столь же странному человеку и неудачливому монарху), картины — в том числе Дюрера и Тициана — и древности из стран Востока, минералы и различные приборы, бывшие последним словом тогдашней техники, а также чучела редких зверей и птиц. Звери были на Градчанах не только в виде чучел: император завел целый зоопарк, в котором содержались главным образом «благородные» животные, соответствовавшие высокому положению их хозяина, — орлы, львы, леопарды...