Традиция венгерского если не сепаратизма, то партикуляризма оказалась очень прочной и, как мы увидим дальше, в значительной степени определила судьбу всей габсбургской монархии.
В первые годы XVII в. вновь обострились религиозные противоречия в империи. Аугсбургский мир 1555 г. был лишь временным компромиссом, поскольку не обеспечивал ни подлинной религиозной свободы, ни постоянных границ между соперничающими конфессиями в империи. Принцип cujus regio, ejus religio не исключал возможности перехода имперских князей из одного вероисповедания в другое, и такие случаи, становившиеся все более частыми, нарушали хрупкое политическое равновесие в Германии. Кроме того, Аугсбургский мир учитывал интересы католиков и лютеран, но не кальвинистов, которых в империи становилось все больше — в том числе и среди владетельных особ. Наконец, вымирание династий, правивших в тех или иных княжествах, вызывало споры о наследстве, в которых интересы католической и протестантской партий также сталкивались. Происходила концентрация сил враждующих группировок: были созданы протестантская Уния (1608) и католическая Лига (1609). Лидером первой стал курфюрст Фридрих Пфальцский, второй — герцог Максимилиан Баварский.
Пассивность Рудольфа II, сомнения в его душевном здоровье и опасения за судьбу не только империи, но и наследственных владений Габсбургов подтолкнули родственников императора к действиям. В австрийском доме случилось нечто из ряда вон выходящее: младшие члены семьи объединились Против ее главы. В апреле 1606 г. в Вене собрались братья императора, эрцгерцоги Матиас (наместник в Австрии) и Максимилиан, а также Фердинанд и Максимилиан Эрнст, представлявшие штирийских Габсбургов. Было подписано тайное соглашение, в котором остальные члены семьи признавали Матиаса главой рода вместо Рудольфа.
Матиас был самым честолюбивым из сыновей Максимилиана II. По завещанию отца все наследство досталось старшему — Рудольфу, и Матиас долгое время добивался у брата какой-нибудь значительной должности. В 1578 г. он даже пустился на авантюру, бежав в Нидерланды, где сторонники независимости подняли восстание против испанского владычества. Генеральные штаты — сословное собрание Нидерландов — провозгласили молодого Габсбурга штатгальтером (высшим должностным лицом). Однако лишенный политических дарований эрцгерцог стал игрушкой в руках противоборствующих группировок и через три года бесславно вернулся в Вену, где выслушал от брата-императора немало гневных упреков. Отношения Матиаса с Рудольфом II с той поры были испорчены. Тем не менее в конце 90-х гг. император назначил брата наместником в Австрии и несколько раз поручал ему командование войсками, сражавшимися против турок. Лавров на этом поприще Матиас, впрочем, тоже не сыскал. Большинство историков считает Матиаса одним из наименее одаренных Габсбургов. Некоторые историки полагают, впрочем, что Матиас был скорее фигурой трагической. Обладая определенными способностями и большим честолюбием, он умело плел интриги и в конце концов добился вожделенной власти, однако впоследствии оказался слишком слабым для того, чтобы противостоять могущественным религиозно-политическим группировкам и предотвратить их столкновение, переросшее во всеевропейскую войну.