Для французов война в Германии складывалась довольно удачно: им удалось занять множество опорных пунктов в Эльзасе, Лотарингии и на западе империи. В целом же ситуация на театрах военных действий менялась очень быстро: императорская армия то наступала, отгоняя шведов к балтийскому побережью, то вновь отступала на юг — например, после поражения при Виттштоке в октябре 1636 г. Этот период войны был, пожалуй, самым тяжелым для мирного населения Германии, которому нескончаемые бои казались чем-то вроде Апокалипсиса, растянувшегося на десятилетия. Тридцатилетняя война как, наверное, ни один другой из конфликтов, случившихся в Европе до XX в., способствовала одичанию (в самом буквальном смысле) целых народов, упадку их материальной и духовной культуры. По данным профессора Дюссельдорфского университета К. Дювелля, к началу войны численность населения Германии составляла около 15 с половиной миллионов человек, к концу же — лишь 10 млн. 40% деревень и примерно треть городов подверглись значительным разрушениям или были вовсе стерты с лица земли.
Фердинанд III, наследовавший своему отцу в феврале 1637 г., все глубже залезал в долги: часть средств для ведения нескончаемой войны ему предоставляла Испания, в свою очередь, пополнявшая свои финансы за счет поставок серебра из Латинской Америки, остальное приходилось занимать у банкиров. При этом множество долговых обязательств новый император унаследовал от отца. Рассказывают, что однажды Фердинанд II увидел, что его сын чем-то озабочен. Спросив, в чем причина, император услышал в ответ: «Размышляю, как буду расплачиваться со всеми долгами, которые ты наделал». Ответ на этот вопрос Фердинанду III не удалось найти до конца своих дней.
Заключительный период войны стал для императора и его союзников чередой почти сплошных поражений. 2 ноября 1642 г. во второй битве при Брайтенфельде шведский полководец Леннарт Торстенссон уничтожил более половины войск империи. В Венгрии против императора успешно действовал трансильванский князь Ракоци. В том же году скончался Ришелье, но его преемник кардинал Мазарини продолжил антигабсбургскую политику. В 1643 г. французские войска под командованием принца Конде разбили испанскую армию при Рокруа, положив начало закату военной славы Испании в Европе. В течение двух последующих лет ряд жестоких поражений потерпел от французов и гессенцев герцог Максимилиан Баварский. Снова начал дипломатический флирт со шведами вечно колеблющийся Иоганн Георг Саксонский. В 1645 г. армия Торстенссона вторглась в Богемию, опустошила ее и была остановлена лишь под стенами Вены.