Нижняя Месопотамия – наиболее плодородная часть Передней Азии, но она бедна минеральными ресурсами и деревом. Масштабная ирригация (которую месопотамцы стремились по возможности развивать, не догадываясь о последствиях) приводила к быстрому засолению почв и падению урожаев. В конце концов истощение почв и аридизация климата привели к запустению Южной Месопотамии.
В VIII–VII тыс. до н. э. Верхняя Месопотамия была впервые заселена земледельческими и скотоводческими племенами, спустившимися сюда с окрестных гор – Загроса (носители т. н. хассунской и более поздней самаррской археологических культур, чья зона расселения тяготела к Тигру) и Армянского нагорья (носители халафской культуры, тяготевшие к долине Евфрата). В VI тыс. до н. э. носители самаррской традиции продвигаются в Нижнюю Месопотамию и заселяют ее вплоть до Персидского залива, построив здесь первые протогорода.
Самоназванием сложившейся здесь общности пришельцев с севера было, по-видимому, «су» (в науке закрепилось более позднее название этого народа – субареи). Традиция шумеров сохранила глухие воспоминания о том, что субареи были их предшественниками, а впоследствии – симбиотами. Нижнемесопотамские субареи создали особую, т. н. убейдскую археологическую культуру (V – нач. IV тыс. до н. э.), уже знавшую медь и вскоре распространившуюся, с расселением самих субареев, на земли от Центрального Загроса через Верхнюю Месопотамию и Сирию к Средиземному морю, а также на Северо-Восточную Аравию, включая Бахрейн. Вся эта огромная территория вместе с Нижней Месопотамией составила относительно однородную этнокультурную ойкумену субареев, известную позднее под шумерским названием «Субир» («Пространство су»). Нешумерский и несемитский язык Месопотамии, известный по отдельным терминам и именам, встречающимся в шумерских текстах (в науке его называют «прототигридским» и «банановым»), надо считать субарейским. Ему принадлежат имена некоторых древнейших месопотамских божеств.
В начале IV тыс. до н. э. в Нижней Месопотамии расселяется новый народ – шумеры, пришедшие сюда, возможно, с востока. Впрочем, вопрос о прародине шумеров остается неразрешенным, так как их язык не удается связать ни с одной из известных ныне языковых групп. Известный шумерский миф о происхождении людей с острова Дильмун (совр. Бахрейн) говорит обо всем человечестве в целом и не имеет отношения к каким-либо собственно шумерским воспоминаниям.
Шумер до конца Раннединастического периода
С приходом шумеров археологическая культура Убейд сменяется в Нижней Месопотамии культурой Урук (IV тыс. до н. э.). Шумеры смешались с местными субареями и ассимилировали их, в свою очередь переняв от них многие навыки ремесла и искусства. Городские поселения и храмовые здания периода Урук продолжают постройки предыдущей убейдской эпохи, так что приход шумеров был мирным и носил характер подселения в уже существующие центры.