«В процессе летной эксплуатации самолетов МиГ-9 с усиленными по бюллетеню завода № 1 крыльями продолжают иметь место деформации обшивки крыльев и как массовое явление — ослабление заклепок. В отдельных случаях количество ослабленных заклепок достигает 284 на одной плоскости, а деформация обшивки — 3 мм. Кроме того, отмечено появление деформации обшивки хвостового отсека фюзеляжа в районе 21–23 рам».[7]
Самолеты МиГ-9 эксплуатировались, в частности, в частях 1-й ВА (аэродром Кобрин), 7-й ВА (аэродром станция Долляр в Азербайджане), 14-й ВА (аэродром Городок, Львов), 15-й ВА (на аэродромах около Калининграда) и в 16-й ВА под Берлином. В 1949 году МиГ-9 освоил личный состав 177-го иап 303-й иад (Ярославль), 139-го гиап (аэродром Хотилово, в 1950 году пересел на МиГ-15).
Параллельно с освоением МиГ-9 в войсках в НИИ ВВС продолжались работы по выяснению его боевых возможностей. Так, в 1948 году летчики-испытатели института провели на МиГ-9 несколько воздушных боев с первым отечественным реактивным бомбардировщиком Ту-12.
Эксплуатация МиГ-9 в Советском Союзе завершилась, видимо, в 1952 году. Подтверждение тому является единственный экземпляр самолета, хранящийся в Монинском музее ВВС. Последний полет на нем (если не считать подлеты во время съемок фильма «Им покоряется небо») выполнил летчик Соловьев 9 мая 1952 года. Тогда этот день хотя и считался праздничным, но был обычным рабочим.
После снятия с вооружения значительную часть МиГ-9 передали в Китай, где они прослужили до начала 1960-х годов.
Интересна судьба единственного МиГ-9, хранящегося в подмосковном Монино. В 1960-е годы в кинотеатрах страны демонстрировался художественный фильм «Им покоряется небо», рассказывавший главным образом о создании реактивного первенца МиГ-9. По замыслам создателей ленты в нем должны были сниматься и эпизоды с испытаниями Як-15, на роль которого подготовили Як-17. Сейчас трудно сказать, где «откопали» МиГ-9. Важно отметить, что для этой роли использовался обычный серийный самолет.
Несмотря на то что машина была доведена на фирме Микояна до летного состояния, во время съемки на аэродроме Чкаловская выполнялись только подлеты — отрыв от ВПП с последующей посадкой. Пилотировал самолет, на борту которого нанесли стрелы и номер 01, Герой Советского Союза, заслуженный летчик-испытатель Л. М. Кувшинов. На Як-17 тоже нанесли стрелы и номер 02. В таком виде они долго экспонировались в Монинском музее.
В заключение следует отметить, что из первых отечественных истребителей с ТРД только МиГ-9, несмотря на все его недостатки, по своим летным данным был на уровне мировых образцов и мог эффективно бороться с бомбардировщиками вероятного противника.