9 мая было принято решение о высылке армян восточной Анатолии. После восстания в Ване, единственной области империи, где армяне составляли большинство населения, в ходе подавления которого погибло 75 тысяч человек, началась четвёртая фаза депортации, предполагавшая высылку армян из приграничных районов и Киликии.
30 мая 1915 года меджлис утвердил «Закон о депортации». 21 июня 1915 года, во время заключительного акта депортации, её главный вдохновитель Талаат приказал выслать «всех армян без исключения» из десяти провинций восточного региона Османской империи, кроме тех, кто был «признан полезным для государства». Часть армян Стамбула и Эдирне не была выслана, чтобы уменьшить число свидетелей-иностранцев.
Против депортации армян выступили некоторые влиятельные турецкие чиновники. Так, глава Алеппо Мехмед Джеляль-бей, заявив, что армяне защищаются и право жить – естественное право любого человека, запретил репрессии. Его поддержали губернаторы Смирны Рахми-бей и Адрианополя Хаджи Адил-бей. В наказание Джеляль-бей в июне 1915 года был отстранён от управления Алеппо. Точно так же глава концлагеря в пустыне Дер-Зор Али Суэд-бей, пытавшийся облегчить участь армян, был смещён с должности, а на его место поставлен отличавшийся особой жестокостью Зеки-бей.
Решение о депортации армян из западных провинций (Анкары, Эскишехира и прочих), Киркука, Мосула, долины Евфрата и ряда других регионов было принято 5 июля 1915 года. 13 июля Талаат-паша заявил, что депортация проводится для «окончательного решения армянского вопроса» – формулировка, позднее дословно скопированная немцами в отношении евреев.
Впрочем, сходство геноцида армян и Холокоста не только в формулировках, но и в методах. Так, медицинские эксперименты, которые нацистские медики проводили над евреями и цыганами, опирались на практику турецких военных врачей. В качестве одного из оправданий уничтожения армян использовалось биологическое обоснование. Главным пропагандистом этой политики был доктор Мехмет Решид, губернатор Диарбекира.
По распоряжению врача Третьей армии Тевфика Салима для разработки вакцины против сыпного тифа в центральной больнице Эрдзинджана проводились эксперименты над армянскими солдатами и кадетами, большинство из которых погибло. Их проводил профессор медицинской школы Стамбула Хамди Суат, которому в наше время посвящён мемориальный дом-музей в Стамбуле, поскольку он считается основателем турецкой бактериологии. Его эксперименты одобрил главный санитарный инспектор Оттоманских вооружённых сил Сулейман Нуман. Руководитель санитарно-гигиенических служб и департамента здравоохранения города Трапезунд Али Сейб экспериментировал, вводя детям и женщинам, в том числе беременным, смертельные дозы морфия или отравляющих веществ. Он же использовал мобильные паровые бани, где детей убивали перегретым паром.