В подполье был восстановлен Совет евреев Румынии, которому при поддержке папского нунция А. Кассуло и швейцарского посла в Румынии де Века удалось через королеву-мать и иерархов православной церкви добиться отмены депортации. Лишь 7,5 тысячи евреев Черновцов были отправлены в Транснистрию. В сентябре 1942 года Эйхман получил согласие румынского правительства на депортацию евреев в Польшу. В октябре приказ был отдан, но еврейским лидерам снова удалось добиться его отмены.
В декабре 1942 года военное положение Германии ухудшилось, и это сказалось на отношении румынского правительства к евреям. Некоторым из высланных в Транснистрию разрешили покинуть страну. С 1939 по сентябрь 1944 года на тринадцати судах Румынию покинули около 13 тысяч евреев, многие из которых были беженцами из Польши, Венгрии и Словакии.
Главной целью действовавшего в подполье Совета евреев Румынии было возвращение депортированных. Румынскому правительству сообщили, что всемирные еврейские организации готовы заплатить большую сумму за возвращение евреев из Транснистрии. Однако под давлением немцев 23 апреля 1943 года Й. Антонеску подписал приказ, согласно которому ни один из депортированных не имел права на возвращение.
При этом диктатор внимательно следил за ходом войны, не намереваясь вечно играть на немецкой стороне, коль скоро Германия проигрывала. В июле 1943 года Й. Антонеску разрешил вернуться пожилым людям, вдовам, инвалидам Первой мировой войны и бывшим офицерам румынской армии. При этом местные власти по настоянию немецких советников всячески задерживали выполнение этого приказа, и возвращение в Румынию лиц указанных категорий началось только с декабря 1943 года.
В начале 1944 года число возвращавшихся возросло. Делегации Автономного комитета помощи посещали лагеря и гетто Транснистрии и помогали их обитателям. Большинство евреев вернулось в Румынию в 1944 году, накануне отступления румынских войск из Транснистрии. Румынские власти, напуганные поражениями Германии, устанавливали контакты с союзниками и пытались продемонстрировать гуманное отношение к евреям. Накануне наступления советских войск на юге Украины всем депортированным евреям разрешили вернуться в Румынию.
Более того, Антонеску потребовал, чтобы немецкая армия не уничтожала евреев при отступлении из румынской зоны оккупации. Это требование в основном выполнялось, хотя перед отступлением из Тирасполя немцы убили около тысячи евреев. В апреле – мае 1944 года в Освенцим были депортированы 155 тысяч евреев Северной Трансильвании, входившей с 1918 года в состав Румынии, но переданной в 1940 году Венгрии, которая в марте 1944 была оккупирована германскими войсками.