При этом 29 июня 1941 года румынские и немецкие солдаты устроили погром в Яссах, убив около 12 тысяч евреев. В Молдавии немецкие и румынские войска планомерно уничтожали еврейское население. В августе 1941 года румынские власти начали депортацию евреев из находившихся под их контролем Буковины и Бессарабии через Днестр, в немецкую зону оккупации. Немцы отказались принять депортированных. Многих расстреляли, других отправили назад в румынскую зону, где часть их была убита румынскими жандармами. Многие утонули в Днестре или погибли от болезней и голода по пути в концлагеря Буковины и Бессарабии.
В течение пяти недель после начала войны была уничтожена половина еврейского населения (около 160 тысяч человек) Бессарабии, Буковины и района города Дорохой, входившего в состав старой, довоенной Румынии. В сентябре 1941 года на территории, оккупированной румынской армией, евреев стали заключать в гетто и концлагеря.
По приказу Й. Антонеску, выполнявшего требование германского посольства, в июле 1941 года началась отправка в концлагеря евреев, проживавших в провинции старой Румынии, однако Совет евреев Румынии (!) добился отмены приказа. Из приграничных с СССР районов еврейское население депортировали на запад Румынии, мужчин моложе 60 лет заключили в концлагерь Тыргу-Жиу. Из других районов в трудовые лагеря посылали еврейских мужчин. Отправку туда женщин предотвратил всё тот же Совет евреев Румынии.
Когда 3 сентября 1941 года был отдан приказ о ношении евреями отличительного знака, главный раввин страны А. Шафран обратился к главе румынской православной церкви патриарху Никодиму, вмешательство которого заставило Й. Антонеску 8 сентября отменить этот приказ. В румынской зоне оккупации СССР для евреев ношение знака осталось обязательным.
16 сентября 1941 года началась депортация в Транснистрию евреев из лагерей Бессарабии. После вмешательства Совета евреев Румынии, послов США, Бразилии, Португалии и Швейцарии 14 октября вышел приказ о прекращении депортации, но на практике она продолжалась до 15 ноября. Евреи Бессарабии и Буковины (за исключением 20 тысяч евреев Черновцов) были отправлены в Транснистрию. В ходе депортации погибли 22 тысячи евреев, большей частью расстрелянных жандармами. Послы Швейцарии, Бразилии и Португалии предложили послу США заявить протест против этой акции, но он… отказался, сославшись на то, что не располагает необходимой информацией.
После Ванзейской конференции нацисты усилили давление на румынские власти, добиваясь согласия на уничтожение евреев. В июле 1942 года нацисты добились от М. Антонеску, вице-премьера Румынии, обещания начать в сентябре депортацию евреев из Южной Трансильвании в Польшу.