Указ 22 июля 1941 года вводил обязательную «ариизацию» еврейской собственности. В июле 1941-го, после подъёма в Сербии партизанского движения, военные власти начали расстреливать местных заложников. В августе 1942 года один из руководителей немецкой администрации на Балканах докладывал командующему немецкими войсками: «Сербия – единственная страна, где еврейский и цыганский вопросы полностью решены».
В 1941 году в состав Независимой Хорватской державы вошли территории Хорватии, Боснии и Герцеговины. 30 апреля 1941 года в Хорватии были введены в действие Нюрнбергские законы. В конце октября 1941-го евреев начали отправлять в лагеря принудительного труда: 6 тысяч человек были отправлены на работу на соляные копи в Карловаце и Юдово.
К концу 1941 года две трети евреев Хорватии были заключены в концлагеря. Большинство из них было уничтожено хорватскими усташами в концлагере Ясеновац – запредельная жестокость к вчерашним соседям в 90-е годы, когда Югославия, распавшаяся по сегодняшним границам, опиралась на прочные традиции. 1600 евреев Хорватии бежали из немецкой зоны в Герцеговину, оккупированную итальянскими войсками. Хорватские власти с охотой удовлетворяли немецкие требования о депортации: в мае 1942 года в Освенцим было отправлено 2 тысячи евреев Хорватии (за весь 1942 год – около 5 тысяч человек).
Военные власти в итальянской зоне оккупации не преследовали местных евреев и принимали бежавших от немцев и хорватов. Немецкие и хорватские власти настоятельно требовали от итальянского командования выдать беженцев и начать депортацию местных евреев. Бенито Муссолини обещал не препятствовать хорватам началу депортации в итальянской зоне оккупации, однако военное командование Италии в оккупированной части Югославии провело секретное совещание, во время которого было принято решение не выдавать евреев.
Впрочем, давление немцев заставило итальянцев сосредоточить еврейское население на острове недалеко от побережья Италии. В мае – июле 1943 года евреи из итальянской зоны оккупации были переправлены в лагерь Рав-Бакши. Однако до этого тысячи евреев Хорватии бежали в Италию из итальянской зоны оккупации.
3 сентября 1943 года Италия капитулировала. Итальянская зона оккупации прекратила своё существование. Итальянские военные власти дали возможность евреям бежать на территорию, находящуюся под контролем Народно-освободительной армии Югославии Иосипа Броз Тито. В лагере осталось около 200 стариков и больных, которых немцы депортировали в Триест, а затем в Освенцим.
Венгерская зона оккупации включала в себя значительную часть Воеводины. На евреев были распространены антиеврейские законы Венгрии. В январе 1942 года подразделения венгерской армии и полиция начали убивать евреев и сербов. Массовые убийства возобновились в марте 1944 года, после оккупации Венгрии германской армией.