К. Валла был сторонником ограничения гражданских прав евреев, но противником «окончательного решения» еврейского вопроса. Немцы добились его отставки, в мае 1942-го комиссариат возглавил Л. Даркье де Пеллепуа. Под его руководством комиссариат резко расширил свою деятельность в «свободной зоне». Немцы и комиссариат требовали от Петена отменить все акты о натурализации иностранных евреев, изданные после 1927 года, однако правительство Виши отказало им в этом.
27 марта 1942 года были депортированы в лагеря смерти 1100 французских евреев. Распоряжение немецких властей от 7 февраля 1942 года ввело для евреев комендантский час и запрещало им менять место жительства. 29 мая 1942 года немцы ввели для евреев отличительный знак. Впрочем, эти распоряжения действовали лишь на оккупированной Рейхом территории.
В конце апреля 1942 года под давлением оккупационных властей премьер-министром правительства Виши был назначен П. Лаваль, наиболее тесно связанный с немцами французский политик. Тогда же произошла смена руководства Главного комиссариата по еврейским делам. Даже в оккупированной части страны французской полиции была предоставлена большая автономия при условии тесного сотрудничества с немцами. Следует отметить, что французская полиция и власти воздерживались от участия в акциях, направленных против евреев – французских граждан, хотя охотно преследовали иностранных евреев. Даже П. Лаваль в 1943 году выступал против депортации евреев – французских граждан.
11–17 июля 1942 года гестапо провело в Париже массовые облавы, во время которых было арестовано 12 884 еврея. Многих из них отправили в концлагерь Дранси. 15 августа 1942 года власти Виши выдали немцам около 7 тысяч иностранных евреев. Массовые облавы во Франции и на территории «свободной зоны» продолжались в течение всего 1942 года. Большинство арестованных заключали в концлагерь Дранси, откуда депортировали в Восточную Европу, в основном в Освенцим. В 1942 году из Франции туда было депортировано 42 500 человек.
8 ноября 1942 года англо-американские войска высадились в Алжире и Тунисе. 11 ноября 1942 г. немецкие и итальянские войска заняли не оккупированную ранее зону Франции. Преследования евреев ужесточились. Часть их нашла убежище в итальянской зоне оккупации, где военные власти отказывались сотрудничать с немцами в преследовании евреев, другие переходили границу Испании и Швейцарии.
В 1940–1942 годах из Франции в Испанию бежало 20–30 тысяч евреев, в 1943–1944-м – 11 тысяч; в Швейцарию – ещё 11 тысяч. Многие нашли убежище в самой Франции. При этом большую роль в спасении евреев сыграли бойцы Сопротивления. Около 7 тысяч детей были спасены Организацией помощи еврейским детям.