Мельниковцы также считали, что евреи несут коллективную вину перед украинским народом и должны быть уничтожены. Члены ОУН уничтожили тысячи евреев во время резни, устроенной 25 июля 1941 года (в так называемый день Петлюры) во Львове, Тернополе, Станиславе и других населённых пунктах.
В 1942 году лидеры бандеровского крыла ОУН изменили свою позицию в еврейском вопросе. На это повлияли: роспуск немцами самопровозглашённого во Львове 30 июня 1941 года правительства Украинского государства во главе с Я. Стецько; арест С. Бандеры, Я. Стецько и других руководителей ОУН, а также то, что большинство проживавших на Украине евреев было к тому моменту уже уничтожено.
В апреле 1942 года Вторая конференция ОУН, констатируя «негативное отношение к евреям, признала нецелесообразным в данный момент международной ситуации принимать участие в антиеврейских акциях, чтобы не стать слепым орудием в чужих руках». В августе 1943 года Третий чрезвычайный съезд ОУН признал равноправие всех национальностей, проживавших на Украине, отказавшись от принципа этнического превосходства украинцев.
Во временных инструкциях ОУН членов организации призывали «не проводить никаких акций против евреев». Откровенно объяснялось изменение позиции в еврейском вопросе: «Еврейское дело перестало быть проблемой (их осталось мало), – но с оговоркой: – Это не относится к тем, кто выступает против нас активно».
Отряды вооруженных организаций, созданных украинскими националистами, включая те, что воевали с немцами, как ОУН и Украинская повстанческая армия (УПА), уничтожали евреев, бежавших в леса, а члены ОУН, служившие в украинской полиции, как и раньше, активно участвовали в антиеврейских акциях. По данным А. Вайса, отряды украинских националистов на Западной Украине уничтожили 28 тысяч евреев.
В румынской зоне оккупации подразделениями румынской армии и жандармерии были уничтожены около 240 тысяч евреев, многие – с особой жестокостью. Так, в Одессе от 19 до 25 тысяч евреев были сожжены заживо на девяти артиллерийских складах. В ряде лагерей, созданных румынской администрацией, многие заключенные умерли от голода.
По данным И. Альтмана, на территории Украины было создано 442 гетто, около 38 % – в румынской зоне оккупации. Одно из первых гетто было создано в Каменец-Подольске 20 июля 1941 года, став первым на оккупированной территории СССР местом, куда депортировали евреев из других стран мира.
К концу июля 1941-го в Каменец-Подольск были привезены из Венгрии 11 тысяч евреев, бежавших из Польши и Чехословакии. В конце августа в Каменец-Подольске были уничтожены 23 600 узников, в том числе все зарубежные евреи.