В начале войны власть на оккупированных территориях принадлежала военному командованию, которое часто требовало от командиров СС ускорить уничтожение евреев. В Симферополе, Джанкое и других местах Крыма военное командование направляло армейские части для сопровождения евреев до мест уничтожения. В итоге в Симферополе было уничтожено более 20 тысяч человек.
В приказе командующего 6-й армией В. фон Рейхенау говорилось: «…солдат должен глубоко сознавать необходимость сурового, но справедливого наказания евреев». В приказе от 20 ноября 1941 года командующего 11-й армией Ф. Манштейна: «Солдат должен понимать необходимость наказания еврейства – носителя самого духа большевистского террора».
В итоге в Крыму при активном содействии местного населения было убито около 5 тысяч евреев-крымчаков, представителей автохтонного населения, и около 18 тысяч представителей других общин.
29 сентября 1941 года, через 10 дней после оккупации Киева, в городе было развешано около 2000 объявлений, призывавших евреев собраться в определенных местах для переселения. 24–29 сентября силами зондеркоманды 4а (айнзацгруппа «С») в Бабьем Яру были расстреляны 33 771 еврей. Согласно сведениям украинских историков, всего в 1941–1943 годах там было уничтожено 150 тысяч евреев.
В Умани в сентябре 1941 года украинская полиция под командованием офицеров и сержантов СС расстреляла около 6 тысяч евреев. По свидетельству немецкого офицера – очевидца казни, украинские полицейские, расстреливавшие евреев, «делали это с таким удовольствием, словно занимались главным и любимым делом своей жизни».
В Ровно 7–8 ноября того же года солдаты СС и украинская полиция уничтожили 21 тысячу евреев из гетто. По свидетельству очевидцев, в Городке Витебской области Белоруссии при ликвидации гетто 14 октября 1941 года «полицаи были хуже немцев».
В рейхскомиссариате «Украина» почти 40 % жертв были уничтожены до Ванзейской конференции. Всего на его территории погибли 514 800 евреев. В дистрикте «Галиция» были организованы 78 гетто, в основном в конце 1941 – начале 1942 года.
Судьба евреев, оказавшихся на территориях, вошедших в румынскую оккупационную зону, несколько отличалась от судьбы евреев других оккупированных территорий СССР. В июле – августе 1940 года были созданы 10 гетто в Буковине, которая стала одной из провинций Румынии.
Остальные евреи Буковины были депортированы в 1941 году в Транснистрию, куда попало 125 тысяч евреев из Бессарабии и Румынии. Депортация сопровождалась массовыми расстрелами. Под румынский контроль Транснистрия была передана в начале сентября 1941-го. До февраля 1942 года румыны проводили в Транснистрии массовые акции по уничтожению еврейского населения.