Получить "Томскнефть" Ходорковскому было нелегко. Ему пришлось преодолеть сопротивление старых акционеров в лице администрации Томской области и группы "красных директоров". Но все же в 1997 году ЮКОСу удалось консолидировать контрольный пакет акций Восточной нефтяной компании, купив на аукционе 45 % акций за 4,8 триллиона рублей. Уже спустя полгода финансовые потоки были выстроены так, что томичи получали не более 50 % от внутренней (российской) цены добываемой нефти, в то время как основная прибыль и от экспортных операций, и от продажи нефти на внутренний рынок оседала в Москве. Причины были просты — Ходорковскому нужны были деньги, поэтому нефть продавалась по 250 рублей за тонну, в то время как тогдашняя цена составляла 500–600 рублей за тонну.
Новые владельцы "Томскнефти" устроили настоящее, как сказали бы в сталинское время "избиение кадров". Сотрудников компании вызывали в Москву в службу безопасности ЮКОСа и требовали предоставить компрометирующие коллег сведения. Как рассказывал впоследствии на суде бывший вице-президент "Томскнефти" Гурам Авалишвили, после того как он побывал на таком допросе, сразу подал заявление об уходе по собственному желанию. Но на этом его мучения не прекратились, угрозы продолжались, и Авалишвили пришлось искать защиты в областном ФСБ! А ведь на тот момент он занимал пост вице-губернатора.
Получив "Томскнефть", ЮКОСсразу же стал ущемлять интересы ее партнеров, с которыми договариваться по-хорошему не собирался, предпочитая действовать в своей привычной манере. В частности, корпорация незаконно в одностороннем порядке расторгла договор о совместной разработке двух нефтяных месторождений, заключенный предыдущим руководством "Томскнефти" с компанией "Ист Петролеум". Сделано это было в несколько дней: "Томскнефть" перешла во владение ЮКОСа 27 декабря 1997 года, а уже с 1 января совместная деятельность была резко приостановлена.
Неудивительно, что глава компании "Ист Петролеум" Евгений Рыбин потребовал от Ходорковского компенсировать инвестиционные затраты своей компании в "Томскнефть". Возникновение спорной ситуации Рыбин описывал так: в 1998 году на ЮКОСе повисли огромные обязательства и займы. Это было связано, в том числе и с покупкой ВНК за сумму, превышавшую 1 миллиард долларов. Все это привело к нарушению баланса совместной деятельности "Томскнефти" и "Ист-Петролеума". На практике получалось, что "Томскнефть" и ЮКОС забирали всю нефть в одностороннем порядке, а рассчитываться по обязательствам совместной деятельности не спешили. В итоге ЮКОС задолжал "Ист-Петролеуму" огромную сумму (100 миллионов долларов), выплатить которую было очень сложно.