Надо отдать должное Фонду имущества Мурманской области, который не оставлял попыток вернуть пакет акций "Апатита" в ведение государства. Чтобы избежать этого и замести следы, Ходорковским была изобретена следующая схема: "Волна" дробит свой пакет акций и продает доли различным подставным фирмам. Но тот факт, что новые владельцы пакета акций являются аффилированными с Менатепом лицами, не было загадкой для чиновников. После исковых требований и апелляций Арбитражный суд Москвы расторг договор о продаже акций "Апатита" "Волне". Суд указал на то, что фирма не исполнила инвестиционные обязательства и вообще распоряжалась акциями нецелевым образом. "Волна", согласно судебному решению, должна была вернуть акции государству, но возвращать было нечего — бумаги были уже распылены. Ходорковский, укрывший акции в своих подставных фирмах, не торопился исполнять решение суда на протяжении целых четырех лет. Лишь когда проблему подняли губернаторы Новгородской, Смоленской, Тамбовской, Орловской, Тульской и Белгородской областей совместно с депутатами Госдумы, ему пришлось пойти на некоторые уступки.
В марте 2002 года Платон Лебедев предложил Российскому фонду федерального имущества (РФФИ) урегулировать проблему за счет Менатепа. Стороны заключили мировое соглашение. Согласно соглашению "Волна" должна была выплатить государству 15 миллионов долларов США — это была якобы разница между действительной рыночной и номинальной стоимостью 20 % пакета акций "Апатита". Между тем, на 1 октября 2002 г. рыночная стоимость 20 % акций "Апатита" равнялась 62 миллионам долларов. Мало того, что Ходорковский и Лебедев лукавили, когда говорили о невозможности возвращения акций государству (все акции находились в ведении подконтрольных им фирм), но еще и занизили размер "компенсации" в четыре раза.
Тем не менее, Ходорковский и Лебедев, предоставив этот недостоверный отчет, ввели в заблуждение суд. Мировое соглашение было утверждено, и дело о возврате государству 20 % акций ОАО "Апатит" было прекращено. Вышеупомянутое мировое соглашение впоследствии стало поводом для возбуждения уголовного дела в отношении главы РФФИ Владимира Малина, которого Генпрокуратура обвинила в превышении должностных полномочий и коммерческом подкупе. В приговоре суда было установлено, что Малин преследовал целью обеспечить Лебедеву и другим лицам возможность не возмещать государству упущенную выгоду в связи с невозвратом государству крупного пакета акций ООО "Апатит".
"Апатит" оказался не единственной подобной жертвой банды Ходорковского. В 1995 году преступники обманным путем завладели акциями акционерного общества "Научно-исследовательский институт по удобрениям и инсектофунгицидам им. профессора Я.В Самойлова" (АО "НИУИФ"). Менатеп, конечно интересовал не сам НИУИФ — старое советское НИИ — а принадлежавшие ему два офисных здания на Ленинском проспекте.