Схема, по которой фирма-однодневка, контролируемая Ходорковским, выиграла приватизационный конкурс, была аналогична той, что применялась при приватизации "Апатита". Ходорковский и его подчиненные создали несколько подставных фирм, и, одна за другой, они уступали свое право победителя конкурса, пока дело не дошло до той, что предложила худшие условия. Право обладания акциями получила некая фирма "Уоллтон". Согласно заявке, компания должна была заплатить 25 миллионов долларов следующим образом: 20 % (5 миллионов долларов) поступали на счета РФФИ, оставшиеся 20 миллионов долларов переходили в НИИ в качестве инвестиций по разработанной НИИ инвестиционной программе.
Генеральным директором НИИУФ являлся П. Классен. Долгое время он был научным руководителем института и на пост директора был выбран сотрудниками. Классен плохо разбирался в налоговом законодательстве, и его оказалось просто ввести в заблуждение. Гендиректора напугали тем, что, в случае получения институтом в конце 1995 года инвестиционных средств и перехода их в новый налоговый период 1996 года, с них будет взыскиваться налог на прибыль в размере 35 %. Для того, чтобы избежать налогообложения, необходимо до конца декабря 1995 года после поступления на счет института инвестиционных средств перечислить их обратно на счет инвестора АОЗТ "Уоллтон". В течение 1996 года компания должна была возвратить инвестиции. Классен согласился. 29 декабря 1995 года деньги пришли в институт, а 30 декабря деньги из института испарились и проследовали той же дорогой, вернувшись обратно в Менатеп. После были проданы трем юридическим лицам уже без инвестиционного обременения, но в 1997 года РФФИ стало известно о невыполнении менатеповцами инвестиционных обязательств и соглашение между РФФИ и АОЗТ "Уоллтон" было расторгнуто по суду.
Рейдерство шло рука об руку с другими преступлениями ОПГ Ходорковского. Одним из средств нажиться стал уход от налогов. В будущем примерявший на себя имидж "самой прозрачной компании России", ЮКОС платить налоги не хотел и не собирался. Чтобы не платить налоги, Ходорковский вновь прибегает к излюбленной практике — использованию фирм-однодневок. Они были зарегистрированы на территории закрытого административно-территориального образования (ЗАТО) — городе Лесной Нижнетуринского района Свердловской области, предоставлявшем налоговые льготы юридическим лицам. Тем не менее, по закону льготы могли быть получены только предприятиям, зарегистрированным в ЗАТО и не менее 80 % своей деятельности ведущим в на территории города Лесной. Фирмы-однодневки Ходорковского вообще никакой деятельности не осуществляли, а были по факту лишь отмывочной конторой для средств, получаемых предприятиями ЮКОСа. Поскольку Лесной рано или поздно ждала проверка, впоследствии все подставные фирмы были сняты с учета в Лесном, и в 2001 году присоединены к фирме "Перспектива оптимум", стоявшей на учете в Агинско-Бурятском национальном округе.