В Батурине, вотчине своей, он прихватил часть казны, наскоро организовал оборону против неминуемого возмездия русских и бежал дальше. Когда Мазепа переправился через Десну, с ним было не больше пяти тысяч казаков – вместо обещанной полусотни тысяч. Только здесь, на правом берегу, они узнали, что гетман ведет их не против шведов, а против русских. Мазепа обратился к своему отряду с речью. Казаки выслушали гетмана молча. Но когда через три дня Мазепа, уже в расположении шведских войск, привел свой отряд к присяге, под его началом оставалось около полутора тысяч казаков во главе с атаманом Костей Гордиенко. Они сразу поразили союзников своим буйством. Мазепа пригласил запорожцев в свой шатер на обед. Сечевики напились и начали тащить со стола серебряную посуду. А когда кто-то попытался остановить их, его тотчас зарезали. Впрочем, это были храбрые рубаки, настоящие берсерки, и уцелевшие оставались верны Мазепе до конца.
Известие о предательстве украинского гетмана воистину стало для Петра громом среди ясного неба. Но он быстро предпринял решительные меры. Для начала разослал во все полки, города и крепости манифест об измене «Иуды Мазепы». В манифесте говорилось: «Гетман Мазепа, забыв страх Божий и свое крестное целованье, изменил и переехал к неприятелю нашему, королю швецкому», чтобы с королем Польши «малороссийскую землю поработить по-прежнему под владение Польское и церкви Божии и святые монастыри отдать во унию» (то есть подчинить католическому духовенству и привести в лютеранские и униатские кирхи).
Кроме того, царь обещал амнистию и сохранение чинов и собственности всем, кто оставит изменника и вернется к прежней службе. Также он заявлял о верности украинцев союзу с Россией и запрещал попрекать их предательством Мазепы. Затем Петр I созвал старшину, полковников и знатных козаков в город Глухов для избрания вольными голосами нового гетмана. В это время Меншиков уже взял штурмом мазеповский Батурин и не оставил от него камня на камне.
Жители украинских городов собирались в церквях, где давали клятвенные обещания упорно бороться со шведами и изменниками и быть верными России: «А к вору и изменнику, бывшему гетману Мазепе, отнюдь не пристанем и ни в чем его слушать не будем, и на том всем святый крест целуем».
Вот так и получилось, что поддержки в народе Мазепа не обрел, что было для него смерти подобно. «Скажу прямо: если украинский народ не поддержит шведского короля, я не вижу никакой возможности для него закончить счастливо войну», – писал французский посол при Карле XII де Безенваль. Шведы думали, что приобрели могущественного союзника и хозяина огромной страны, а достался им лишь жалкий беглец, враг всей Украины. Тогда Карл, который явился на Украину под видом «освободителя от москалей», совершенно изменил свою политику и перешел к самому настоящему террору, предавая все «огню и мечу». Но это не помогало. Сопротивление русско-украинских войск и народных партизанских отрядов не ослабевало.